一、多增一檔減税：
1.環境保護費：只規定了一檔減排減免，即企業污染物排放濃度值低於規定的污染物排放限值百分之五十以上的減半徵收；
2.環境保護税：多增一檔減排税收減免，即納税人排放應税大氣污染物或者水污染物的濃度值低於國家和地方規定的污染物排放標準百分之三十的，減按百分之七十五徵收環境保護税；
二、收入全歸地方；
1.環境保護費：中央和地方1比9分成；
2.環境保護税：考慮到地方政府承擔主要污染治理責任，將環境保護税全部作為地方收入，中央不再參與分成；
三、收費標準：
1.環境保護費：國家只規定下限而未規定上限，各省份可上浮收費標準；
2.環境保護税：既有上限又有下限，大氣和水污染物的税額下限沿用排污費最低標準，即每污染物當量元和元，税額上限則設定為下限的10倍；
四、徵收主體：
1.環境保護費：由環保部門徵收管理；
2.環境保護税：由環保部門改為税務機關，環保部門依法監測管理企業排污，並確定企業申報、税務徵收、環保協同、信息共享的徵管模式。
