不能使用甲硝唑的情況：
1、硝基咪唑類藥物過敏者。甲硝唑是硝基咪唑類藥物，有過此類藥物過敏史者應當及時告知醫生，讓醫生開同效的其他藥物，避免因使用此類藥物發生的不良後果。
2、有中樞神經系統疾病和血液疾病的患者禁用。一般劑量的甲硝唑可能會引起頭暈頭疼、抑鬱甚至癲癇等不良反應，長時間大劑量的使用甲硝唑會可發生中樞神經系統的毒性作用，如意識錯亂、周圍神經病變等。甲硝唑還可讓血液中的白細胞和中性細胞出現減少，可能出現再生障礙性貧血等症狀，動物研究表明甲硝唑還有致癌作用，所以有這兩種疾病的患者應當禁用甲硝唑。
3、孕婦最好不要使用甲硝唑。實驗表明腹腔內用藥會對胎兒有毒性，藥物可通過胎盤進入胎兒的內循環，口服用藥則未發現毒性，但是目前缺少足夠的研究證明其對胎兒的影響程度。FDA給出的是妊娠前三個月禁止服用，但還是建議孕婦若要使用甲硝唑藥物一定要經過醫生診斷。
4、哺乳期婦女建議不要使用甲硝唑。使用甲硝唑時，哺乳期婦女的乳汁中的藥物濃度和血液濃度是一致的，國際上認為，服用甲硝唑的哺乳期婦女可以不用停止哺乳，但目前國內對此持保守態度，哺乳期婦女如非必要，不建議使用甲硝唑，若必須用藥，一般建議中止哺乳。
