鴉片戰爭後半個世紀，西醫隨着西方列強的槍炮傳入中國。辛亥革命推翻了腐朽的清王朝，代表西方民主與科學的西醫逐步站在了中醫的對立面。長時間關於“中西醫存廢之爭”使中西醫雙方不得不面對自身的不足，此間持續的爭論以1929年的“戰況”為盛，但遠遠沒有結束。
中西醫難救孫中山肝疾
孫中山肝癌晚期，寧願相信科學
中國近代偉大的思想家和革命家中與醫學關係最密切的莫若孫中山，雖然他從未在其着作、言論中提及中西醫問題，但中西醫爭論中各方都想積極爭取的目標。在成為職業革命家之前，孫中山曾是一名醫生，1925年他被確診患有晚期肝癌的時候，有人希望他接受中醫治療，孫中山即説了這樣一番話：“一隻沒有裝羅盤的船也可能到達目的地，而一隻裝了羅盤的船有時反而不能到達。但是我寧願利用科學儀器來航行。”其時，馮玉祥發動北京政變不久，孫中山受馮電邀赴京，沒想到抵京5天后就因肝疾復發，住進協和醫院。
協和醫院：“若改用中醫治療，(孫中山)必須搬出醫院”
在媒體的追蹤報道下，孫中山的醫療方案，成為1925年初舉國關注的新聞事件。西醫表示對孫中山的病情無能為力，朋友、同志紛紛推薦中醫治療，但是孫中山不願接受。協和醫院同時對改用中醫的建議表現出極大的憤慨。院方表示，中醫藥不能進入協和，雖然孫中山地位尊崇，但若要改用中醫藥治療，必須搬出醫院。孫中山最終於2月18日出院，在北京寓所內接受了3位名中醫的治療。可惜，“沒裝羅盤的船”同樣沒有到達目的地，孫中山最終於3月12日病逝於北京。
“廢止中醫”議案首起波瀾
南京政府首次衞生會議，留學生提“廢止舊醫”議案
孫中山逝世前後，關於中西醫優劣的辯論在報紙上不絕於耳。自從19世紀中後期以來，國人對這樣的辯論，已經毫不陌生。4年後也就是1929年，隨着國民黨統一中國，全國性的醫療體制確定在即，所有的辯論隨即達到了最高潮。那一年的2月23日至26日，南京國民政府衞生部第一次召開全國衞生會議，向來倡言“廢止中醫”的中華民國醫藥學會上海分會會長餘巖等人在會上提出四項議案，目標直指“廢止中醫”，這些議案的核心觀點大多見於餘巖提出的《廢止舊醫以掃除醫事衞生之障礙案》。
餘巖認為，出於四個原因中醫必須廢止：一，作為中醫理論基礎的“陰陽五行六氣藏府經脈”學説是杜撰的;二，中醫源自緯候之學，荒誕無稽;三，中醫缺乏診斷方法，不能調查死因，進行疾病分類，無法防疫，更不能“強種優生”;四，中醫理論和政府普及現代衞生科學的目的相牴觸，阻礙社會科學化。
餘巖為政府“廢止中醫”設計了自認為“漸進有效”的手段：中醫必須前往衞生部門登記，申請職業執照才能執業，登記制度到一定年限即告終止，不再接受新的申請;同時禁止中醫教育。這個提案的奧妙在於，等登記在冊的中醫病老死後，中國將不再有中醫從業人員，中醫也將告自然消亡。會議最後通過的廢止中醫案——《規定舊醫登記案原則》，在激進的餘巖方案基礎上有所折中，但基本吸收了餘巖的意見，規定“不接受新的中醫登記、禁止中醫學校教育和禁止中醫宣傳”三條措施。
“廢止中醫案”通過，引發中醫請願團持久抵制
南京國民政府中央衞生會議通過“廢止中醫案”的消息，不久即由上海媒體捅了出來。上海中醫界隨即開始聯絡各地中醫同行組織，商議組織抗議活動。各地中醫團體代表於1929年3月中下旬在上海開會，並於3月20日組織請願團前往南京請願。請願團向國民黨政府遞交的請願書表明了中醫不能廢止的理由，如中醫確有療效，廢止中醫等於禁絕國粹，並能滿足西醫匱乏的地方患者就醫需求等等。
事已至此，“廢止派”索性在上海報紙上公開發表文章，表明主張，力陳“廢止中醫”的必要，中醫人士則撰文迴應，引發一場曠日持久的論戰。中醫界提出，廢止中醫的議案影響國家經濟安全——當時西藥國產能力低，所需藥品需要大量進口，而且，一旦議案變成事實，將導致大量中醫藥從業人員失業，勢必影響社會穩定。
西學引留學生對中醫全面批判
存廢之爭中，政治力量角力的結果走不出維持中醫現狀的老套路
回顧70多年前的爭議，中醫似乎取得了勝利。餘巖等人推動的“廢止中醫案”並未真正實施，一方面激進言論既不能解決西醫無法在中國農村普及的現實，反而會導致大量人口失業，存在誘發社會不穩的可能，這自然不為上台不久的國民黨政府所樂見，另外，國民黨政府內部大佬對中醫存廢問題意見分歧，並且由此事牽扯出各股政治勢力之間的角力。汪精衞、褚民誼等人主張廢止，而譚延闓、于右任、陳果夫等政要主張保存。中醫仿效西醫，在存廢之爭中，充分利用了政治力量的干預，政治力量角力的結果自然不出維持現狀的老套。
“餘雲岫現象”——留日學生羣體成“消滅中醫”急先鋒
儘管如此，經過1929年的爭論，在國外學習西醫進而主持國內醫政的留學生羣體對中醫的激烈態度，從此廣為人知。其中餘巖最激烈堅決，以至於後世中醫界常將那些廢止中醫的激烈言行統統稱作“餘雲岫現象”。餘巖，字雲岫，1905年公費赴日留學，1908年入大阪醫科大學習醫，1911年一度回國，兩年後再次負笈日本並於1916年畢業回國。他曾擔任中華民國醫藥會上海分會會長、國民政府內政部衞生專門委員會委員等要職，在醫政兩界頗有影響。餘氏在歸國次年(1917年)，就寫了一本全面批判中醫的着作《靈素商兑》，將中醫歸為占星術、巫術與“不科學的玄學”一流，而完全將中醫的臨牀效果視作偶然的巧合，高呼“堅決消滅中醫”。
中國近現代史上，留學生一直是要求變革的重要力量，而留日學生往往態度和手段最激烈，不光在中醫問題上如此。魯迅留學日本並於1904年開始學習西醫，對中醫則一直持刻薄批評的態度。他着名的論斷“中醫不過是一種有意的或無意的騙子”更是廣為人知。實際上，留日學生對中醫的激烈態度，很大程度上是被明治維新後的日本氣象所刺激。中醫6世紀傳入日本，稱作“漢方”，佔據日本醫療主流一千多年，到19世紀中期與西醫體系發生嚴重衝突，明治維新之後，日本政府將“廢止漢方”作為全盤西化的一顆重要棋子，除了大力舉辦西醫學校和醫院，派學生出國學習之外，還立法規定醫生執業考試以西醫體系為標準，由於官方的漢方學校被廢止，釜底抽薪的政策只需等少數被特許執業的漢方醫生老死就收全功。魯迅曾經説過“日本維新是大半發端於西方醫學”，果不其然，1929年通過的《規定舊醫登記案》，其旨趣與明治維新時期的日本政策的旨趣幾乎完全相同。
以西方醫政為榜樣，廢止中醫得到政界高官呼應
而當年在醫政兩界呼應餘巖的，又是何許人物？1929年的全國衞生會議上，共有衞生委員17人與會，其中13人曾出國留學：7人留學美國，包括當時的衞生部副部長在內，全部出自哈佛、耶魯和約翰·霍普金斯大學三校，另有3人畢業於日本，2人畢業於法國的，1人畢業於英國。此外，曾任民國政府教育總長的汪大燮是1907年回國的留日學生，任內製定學制，仿效日本《壬子癸丑學制》，將中醫排除在醫學教育體系之外;一向身居高位又反對中醫的汪精衞，是1903年赴日的留學生。學習西醫出身的留學生回國後主持醫政，對國內醫療體制、醫學教育和資源分配的設計，無不以西方國家的醫政為榜樣，以西方現代醫學精神為導向，這對中醫在中國的命運，產生了深遠影響。
中醫成現代化科學化之障礙
知識分子帶頭：“寧死不吃中藥不看中醫”
中醫的危機加重，不只是因為西醫專業人員掌握醫政，也在於100年來，中醫漸漸失去了不少知識精英的信任。曾被胡適稱作“一個歐化最深的中國人，一個科學化最深的中國人”的地質學家丁文江，是激烈反對中醫的現代中國人物的一個極端個案。丁表白説，他“終身不曾請教過中醫”的態度，正如他“終身不肯拿政府幹薪，終身不肯因私事旅行用免票坐火車一樣的堅決”。有人問他，“假如你到窮鄉僻壤考探地質，忽然病了，當地無一西醫，更無西藥，你會讓中醫診治你嗎？”丁文江斷然答曰，“不！科學家不得毀其信仰的節操，寧死不吃中藥不看中醫。”
到1930年代，由於中西醫的爭論激烈，反對中醫更多不是以科學的邏輯進行批判，而是一種人生態度。丁文江自撰一聯説：“爬山、吃肉、罵中醫，年老心不老;寫字、喝酒、説官話，知難行亦難。”與丁文江類似的表白，清末民初以來實在多見。在日本學醫出身的郭沫若、魯迅自不待言，傅斯年的説法與丁文江更如出一轍：“我是寧死不請教中醫的，因為我覺得若不如此便對不住我所受的教育”。傅斯年是火燒趙家樓的旗手，“五四”運動的風雲人物，這種表態實可見一時之潮流。
梁啟超篤信科學，“強忍委屈”為西醫張目
有些人並不特別反對中醫，但支持西醫的態度卻更加堅決。1926年3月，梁啟超曾因尿血難愈前往協和醫院治療。X光透視的結果顯示，樑右腎中有一個黑點，醫生診斷為腫瘤，決定手術摘除腎臟。術後對病腎做病理分析，發現黑點雖在，但並不是癌症，而樑的尿血癥狀也沒有被手術治癒。一時間，輿論聳動，社會風傳，協和誤將梁啟超的一隻好腎切掉了。陳西瀅、徐志摩等着名人物都紛紛撰文，譏刺協和西醫誤人。當輿論變成一場對西醫的質疑時，梁啟超本人出面，撰寫題為“我的病與協和醫院”的文章，為協和醫院和西醫的治療原則做了辯護。後世不斷有資料表明，梁啟超私下對協和的醫療方案並不滿意，他為西醫辯護的行為，有人稱之為“強忍委屈”，但多數人傾向於認為，樑篤信科學，為協和辯護，毋寧是為西醫和西方科學的原則張目。
梁啟超這樣影響輿論的文化名流大多生於19世紀，他們的青年時代成長於中醫的環境，僅就其個人經驗而言，也並不絕對排除吃中藥，然而，他們贊同西醫並非僅僅據其療效，而是因為西醫是西方現代科學原則的產物：從這個角度説，贊同西醫即是推動中國現代化和科學化。日本經明治維新一躍為亞洲強國，對志在圖強的中國人來説，是一個刺激，更是巨大的榜樣。明治維新的新政中即有廢止漢醫一項，這似乎更加證明了推舉西醫與現代強國之間的關聯。
批評乃至攻擊中醫的人士，常常將中醫稱作“舊醫”，而以“新”標舉西醫，暗示西醫之優於中醫，猶如自然界的新陳代謝，又如新的社會制度取代舊的政治格局，是不可動搖的客觀規律。總的來説，20世紀前期尤其是1929年的爭論，既是西醫進入中國以來中西醫爭論的總爆發，也為此後數十年來的中西醫爭議，奠定了基本議題。
