神舟十二號主要是開展核心艙組合體的日常管理，包括天和核心艙在軌測試、再生生保系統驗證、機械臂測試與操作訓練，以及物資與廢棄物管理等；開展兩次出艙活動及艙外作業，包括艙外服在軌轉移、組裝、測試，開展艙外工具箱的組裝、全景攝像機抬升和擴展泵組的安裝等工作；開展空間科學實驗和技術試驗。進行空間應用任務實驗設備的組裝和測試，按程序開展空間應用、航天醫學領域等實（試）驗，以及有關科普教育活動；要進行航天員自身的健康管理。按計劃開展日常的生活照料、身體鍛鍊，定期監測、維持與評估自身健康狀態。
神舟十二號載人飛行任務有四大特點，將為後續空間站建造及應用發展奠定堅實基礎，積累寶貴經驗。
1、將進一步驗證載人天地往返運輸系統的功能性能。改進後的長征二號F遙十二火箭提高了可靠性和安全性；神舟十二號載人飛船新增了自主快速交會對接、徑向交會對接和180天在軌停靠能力，改進了返回技術、進一步提高落點精度，還將首次啟用載人飛船應急救援任務模式。
2、將全面驗證航天員長期駐留保障技術。通過神舟十二號航天員乘組在軌工作生活3個月，考核驗證再生生保、空間站物資補給、航天員健康管理等航天員長期太空飛行的各項保障技術。
3、將在軌驗證航天員與機械臂共同完成出艙活動及艙外操作的能力。航天員將在機械臂的支持下，首次開展較長時間的出艙活動，進行艙外的設備安裝、維修維護等操作作業。
4、將首次檢驗東風着陸場的搜索回收能力。着陸場從內蒙古四子王旗調整到東風着陸場，首次開啟着陸場系統常態化應急待命搜救模式。
