雍正元年(1723)，青海蒙古貴族、和碩特部大台吉羅卜藏丹津聚兵十餘萬人，屢犯重鎮西寧，劫持蒙古親王，並殺害朝廷派去調和的欽差大臣。新君震怒，授川陝總督年羹堯為撫遠大將軍，四川提督嶽鍾琪為徵西副將軍、參贊大臣，揮師西征。
嶽鍾琪乃民族英雄岳飛的21世孫，最初因康熙朝定額賣官籌糧打仗的臨時性財政政策，捐了一個候補同知。乃父嶽升龍在康熙朝隨御駕親征噶爾丹立功，受封四川提督。此前，嶽鍾琪在康熙朝就建有軍功，此次率六千精鋭，出奇兵，不到一年平定青海，獲授兼甘肅巡撫，督辦甘、青軍政。
雍正三年春，年羹堯案發，嶽鍾琪接任川陝總督，封三等公，在陝甘兩省推行攤丁入畝，又對四川烏蒙等土司實行改土歸流，堅決推行雍正新政。
漢人嶽鍾琪掌川陝三省軍政大權，自會要防朝廷有人非議。當年吳三桂領着“三藩”造反，打到長江邊也被逼進了死衚衕。況岳家祖上是靠抗擊女真保護漢人而出名的，皇帝清楚，老嶽謹慎。只要一有風吹草動，趕緊上奏，謹表忠心。
雍正五年某天，成都街上，一瘋子狂喊：“嶽鍾琪要率川陝兵丁造反了！”嶽迅速查明“湖廣人盧宗寄居四川，因私事造蜚語”，立即上報。很快，雍正硃批下發：“數年以來，讒鍾琪者不止謗書一篋，甚且謂鍾琪為岳飛裔，欲報宋、金之仇。鍾琪懋著勛勞，朕故任以要地，付之重兵……今此造言之人，不但謗大臣，並誣川、陝軍民以大逆。”以“造謠惑眾，誣陷大臣罪”，將盧宗奇斬首示眾。
第二年，靖州秀才曾靜受呂留良反清思想影響，派弟子張熙送信給嶽鍾琪，責罵雍正弒父篡位，又以岳飛抗金的事蹟激嶽，勸他調轉槍頭指向金人後裔滿人，為宋明二朝復仇。嶽鍾琪假裝同意，騙出口供，誘捕二人，押解進京，引發有清一代文字獄之首的呂留良案，株連甚廣。雍正下旨將已死近50年的呂留良行剖棺戮屍，把呂家上下六十餘口人流放關外世代為奴，但他沒有殺曾靜和張熙，還編了一本《大義覺迷錄》，給了曾靜一個閒職和一千兩白銀。同時，嶽鍾琪告發有功，雍正褒獎加封，仍委以重任。
雍正七年二月，準噶爾首領噶爾丹策零“稔惡藏奸，終為邊患”，雍正命黑龍江將軍傅爾丹為靖邊大將軍，統領滿蒙旗兵組成北路大軍出師;拜川陝總督嶽鍾琪為寧遠大將軍，以四川提督紀成斌等參贊軍務，統領川陝甘漢兵組成西路大軍征討，還特地給嶽鍾琪加少保。
《清史稿》中是這樣評價嶽鍾琪的：“鍾琪沈毅多智略，御士卒嚴，而與同甘苦，人樂為用。世宗屢獎其忠誠，遂命專征。終清世，漢大臣拜大將軍，滿洲士卒隸麾下受節制，鍾琪一人而已。”
第二年八月，嶽鍾琪檄令西路大軍各部，取道河西，16萬大軍集結於巴里坤。噶爾丹策零已得朝廷大舉征討的消息，一邊調兵遣將，一邊差使進京，稱願交欽犯羅卜藏丹津，請罷兵議和。雍正召兩路主帥進京，暫緩進兵。噶爾丹策零趁機派二萬人馬突襲嶽鍾琪所設科舍圖嶺牧場，劫走大批駝馬、輜重，焚燒糧草。總兵曹勷“輕騎以赴，戰敗亦走”。總兵樊廷率兩千清軍奮起追擊，與敵拼死激戰七晝夜，終將叛軍擊潰，奪回部分駝馬、輜重。護理大將軍印的紀成斌，閉城不出，不敵而逃，及至清軍潰敵後，又隱瞞損失，誇大戰果，向朝廷邀功。
嶽鍾琪回營坐鎮，佈置有效兵力，欲與敵決一死戰。噶爾丹策零自知嶽鍾琪不易對付，於是只留少數兵力在吐魯番一帶牽制，而把主力精鋭近六萬人馬布置在北路清軍的必經之路，大敗傅爾丹，致其幾乎全軍覆沒。
嶽鍾琪反攻，諸軍奮進，奪所踞山樑，敵軍敗走。西路軍駐守吐魯番，難耐盆地酷暑。嶽鍾琪派兵運送糧草給養，途中遭劫，糧草駝馬盡失。紀成斌防守的瘦集、張元佐駐防的無剋剋嶺，連遭叛軍攻破，駝馬糧草被搶劫一空。糧草不濟，飲水困難，軍心不穩，士氣低落。奏報到京，雍正不快，翻出嶽鍾琪關於新疆戰況和作戰方案的奏摺披閲，越看越惱：“嶽鍾琪所奏，朕詳加披閲，竟無一可採。嶽鍾琪以輕言長驅直入説，又為賊夷盜駝馬，既恥且憤。”於是，追查科舍圖嶺之役的失誤，責紀成斌的“怠忽”，降為沙州副將。
後來，嶽鍾琪施以“圍魏救趙”之計，率西路主力過關斬將，分三路進攻，叛軍聞風逃遁，西路軍佔領新疆首府。雍正表揚嶽鍾琪“此次領兵襲擊賊眾，進退遲速，俱合時宜”。雍正十年十月，噶爾丹策零七千人馬偷襲哈密。嶽鍾琪遣總兵曹讓擊敵，派副將軍石雲倬設伏，斷敵退路。但石雲倬沒有揮師追擊，致使叛軍劫持大量物資安然撤退。雍正帝降旨，治石雲倬、曹讓斬首示軍，嚴責嶽鍾琪“攻敵不速，用人不當”，“嶽鍾琪素諳軍旅，本非庸才，但以懷遊移之見，致戰守乖宜。前車之鑑，非止一端。”
嶽鍾琪接連受雍正帝的嚴責，顯然已經失寵。軍機大臣、內閣大學士鄂爾泰乘機彈劾嶽鍾琪“專制邊疆，智不能料敵，勇不能殲敵”。雍正下諭“降三等侯，削少保，仍留總督銜，護大將軍印”，不久又召離疆返京“商辦軍務”，查郎阿任大將軍。查郎阿“又論鍾琪驕蹇不法，且劾成斌疏防”。副帥紀成斌在平叛青海時有卓越戰功，但此次和總兵曹勷都被砍了頭，總兵張元佐也被調離降職。
嶽鍾琪返京當月，雍正下詔“交兵部拘禁候議”。嶽鍾琪被捕入獄整整兩年後，兵部判決上奏“斬決”。雍正念及其當年進西藏、平青海之功，改“斬決”為“斬監候”，並處罰銀70萬兩。嶽鍾琪大難不死，乾隆二年釋放，後在大小金川戰役中再立軍功，恢復太子少保、三等公，“命紫禁城騎馬，免西征追償銀七十餘萬”。乾隆為其制御詩，列五功臣中，稱“三朝武臣巨擘”云云。
