關於朱元璋瘋狂屠殺功臣元勛的心理動因，後世歷史學家有不同的解釋，最有代表性的解釋是，朱元璋看到皇太子懦弱，擔心他死後強臣壓主，所以事先消除隱患。
這種解釋有一則宮廷秩聞可為佐證：有一天皇太子勸説父親不要殺人太多，朱元璋把一根長滿了刺的棍子丟在地上，命皇太子用手拾起來。皇太子一把抓住刺棍，結果給扎破了手掌並連聲呼痛。朱元璋説：我事先為你拔除棍上的毒刺，你難道不明白我的苦心嗎！就算上面的解釋是真實的，也説明被殺的功臣全蒙受不白之冤，“謀反”根本是莫須有的罪名，而在屠殺功臣的同時也助長了司法制度的黑暗。
皇太子懦弱而皇太孫年幼也許是原因之一，但恐怕不是主要的原因。之所以如此，主要是朱元璋的自卑心理在作祟。朱元璋出生於一個極度貧苦的家庭，父母雙雙死於瘟疫，很小就成了孤兒。他放過牛，當過幹粗活的小和尚，天下大亂時又被迫落草為寇，在底層社會受盡欺凌。
因為出身過於卑賤的緣故，朱元璋對上流社會既羨慕又仇恨，既想拼命擠進去又恨不得把上層人士踩在腳下報復蹂躪。他沒有機會接受系統的教育，缺少做人的崇高理想和高貴情操，因此不可能把苦難身世演變為改造社會普濟天下蒼生的動力，相反因為自己沒有學問，便對有學問有才能的人嫉妒得發狂。像胡惟庸、李善長、劉基等人，都是運籌帷幄、決勝千里的智囊策士，朱元璋的江山是他們三人智慧的結晶。
在本質上，自卑感過重的領袖跟有才幹的部屬不能並存，因此他們三人在朱元璋的力量不夠強大時還可被委以重任，一旦朱元璋意識到自己沒有他們也有足夠的安全保障時，他們的生命也就完結了。宋濂也是出身貧寒，身世和朱元璋相近，按理會同病相憐，但宋濂太有學問，朱元璋最終還是容忍不了。
朱元璋對功臣實行滅種式的屠殺後，以為自此國泰民安，沒想到他剛剛進入墳墓，他的第四個兒子，分封在北平的燕王朱棣便舉兵反叛，開始了宗族血親間復仇式的自相殘殺。因為功臣被屠殺罄盡，中央軍沒有傑出的統帥，叛軍輕而易舉地取得了勝利，皇帝朱允炆在首都陷落之時永遠失蹤了，野史傳説他遠逃海外做了和尚。
