説到忽必烈，元世祖是他的漢人廟號，而蒙古語尊號為“薛禪可汗”。蒙語薛禪，漢義為“賢明”、“聖德”。綜述他一生的功績作為不負這個評價，唯獨統治後期重“理財聚斂”致阿合馬專權二十年。
“薛禪可汗”忽必烈人生中的兩次重大挫折
1251年，蒙哥登上蒙古汗位，便委任忽必烈總領漠南軍國重事。忽必烈總領漠南期間，徵大理、治邢州京兆，均取得了很好的成效，在漢人士大夫中也獲得了頗多讚譽。但蒙古守舊貴族對忽必烈行漢法很不滿意，以致蒙哥汗也對他猜忌日深。蒙哥汗本身就是個專斷且個性很鮮明的人，喜歡占卜，自稱“遵祖宗之法，不蹈襲他國所為”對漢法較為不屑，存在很多隔膜。
他性格偏執倔強，開始對忽必烈在漠南行漢法有成效頗得人心，萌生猜忌。對“王府(忽必烈)得中土心”甚為不滿，覺得二弟忽必烈不太可靠。大汗廷臣中守舊臣僚指責罪狀兩條：一為中土地方臣民都翕然歸心，稱忽必烈為“賢王”，受到擁戴;另一條為“王府諸臣擅權為奸利事”，許多做法超出了之前“唯掌軍事”的許諾。如此，忽必烈總領漠南軍國重事後期，開始一樁大麻煩。
“阿藍答鈎考”成了忽必烈政治生涯中的第一次重大挫折。1257年，蒙哥汗派遣親信大臣阿藍答爾和劉太平，南下鈎考京兆、河南財賦，類似今天所説的財税審計，阿藍答鈎考搞得非常嚴酷，實際上是蒙哥汗對忽必烈總領漠南的一次大整飭。與鈎考錢穀同時，撤銷了忽必烈王府設置的經略司、宣撫司之類機構，相當於削除忽必烈之兵權。
元 蘇天爵《元朝名臣事略》記載：
丁巳，丞相阿藍答兒會計陝西、河南，罷宣撫司，公還東平。…..歲丁巳，宗親間之，遂解兵柄它王，遣阿藍答兒至京兆，大集汴、蜀兵民之官，下及管庫徵商之吏，皆入計局，為條百四十二，文致多方，且曉眾曰：“惟劉萬户、史萬户兩人罪請於朝。”蓋謂忠順公、丞相忠武公也，自餘我則專殺。虐焰熏天，多迫人於死。明年，世祖身至帝所，命下而事始緩，猶杖兵民諸官，凡昔所置諸司皆廢。
忽必烈麾下的大部分官員都難逃災禍，如廉希憲、趙良弼、李德輝等人，都受到追查。京兆路的榷課所官員馬亨，在押解財賦的路上，有意迴避阿藍答兒，還是被逮捕，押送鈎考局審問。僅有兩人受到豁免，沒在拘押之列。在蒙哥的步步進逼下形勢下，忽必烈無可奈何，只得退讓，接受謀士姚樞的建議用王妃為人質，親去漠北覲見蒙哥。
蒙哥汗聽説他帶着家屬親信隨從，反而懷疑他另有所圖。直到忽必烈再遣使説明，蒙哥汗才命令他留下所有家眷隨從，隻身來覲見，忽必烈遵命而行。蒙哥汗見弟遵從命令，隻身前來，轉怒為喜。朝會之後，蒙哥汗態度開始緩和，兩次親自為忽必烈斟酒。忽必烈也很恭敬，行君臣之禮。於是兄弟二人逐漸和好。史載“又酌之三至，帝泫然，上亦泣下，竟不令有所白而止。”不待忽必烈解釋蒙哥汗就下令停止鈎考，但還是撤銷了忽必烈設置的經略司、宣撫司、行部等機構。
這次鈎考以忽必烈的妥協退讓而暫時結束。忽必烈總領漠南軍事權被剝奪，後藉口忽必烈腳疾，讓他回漠北養病。後，1258年蒙哥汗三路大軍徵宋，東路軍失利，忽必烈復出。
另一重大的挫折則是在忽必烈晚年，最寵愛的察必皇后與皇太子的相繼去世。至元十八年(1281)察必皇后去世。五年後，至元二十二年，皇太子真金英年早逝。依存在不多的史料來看察必皇后是為“賢后”，稟性聰明，元初是忽必烈的左右助手。
皇儲真金，是忽必烈親自選定的繼承人，並悉心培養。至元二十二年(1285)忽必烈因察必去世，無心政事，大臣多難與其相見，南必皇后開始干預朝政。當時有一江南行台御史上疏朝廷禪位於皇太子，並請南必皇后勿再幹政。此事被阿合馬餘黨得知，並有意擴散到忽必烈耳裏，造成皇權爭奪，史稱“禪位風波”。
真金竟因此而憂懼成疾，於同年十二月十日病死，時年四十三歲。次年正月七年級忽必烈停止朝賀，為其上諡號為“明孝”。同時將”皇太子寶”授予真金第三子鐵穆耳。這些不幸的刺激下，忽必烈因飲食健康出現問題，最後十年，受到疾病的困擾，鬱鬱而終。
