彌遠拜相
史彌遠與御史中丞章良能也做了一筆交易。六月，章良能不顧與衞涇的老關係，上章彈劾了他，同時面交彈章副本，逼着衞涇自求罷政。七月，史彌遠兼參知政事，十月，在錢象祖升為左相的同時，他進拜為右相兼樞密使，寧宗已像過去信任韓侂胄那樣倚信於他。
拜相僅月餘，史彌遠就遭母喪，按例必須辭相守制，這樣就會出現錢象祖獨相的局面。令人蹊蹺的是，十天後錢象祖竟被論劾出朝。政變以後，他的權位始終壓史彌遠一頭，但地位卻不穩固。在二相勾心鬥角中，御史中丞章良能仍站在了史彌遠一邊。只要把錢象祖在黨禁時逮捕慶元六君子的劣跡抖落出來，就會被清議所不齒，何況人們對他在嘉泰年間趨附韓侂胄的醜事還記憶猶新。錢象祖罷相兩個月後，章良能同知樞密院事，當上了執政，這是對他彈擊衞涇與錢象祖的酬報。在權力角逐中，史彌遠抓住了楊皇后與皇太子。他已在政變中取得了楊皇后的信任，至於太子更是他調教出來的學生，寧宗理政時讓他在一旁“侍立”，説話很管用。彌遠歸裏守喪第五天，在皇太子建議下，寧宗在行在賜彌遠一座第宅，命他就第持服，以便隨時諮訪。史彌遠故作姿態，仍在鄞縣老家守制。
次年五月，寧宗派內侍去請他回臨安，就在這時發生了忠義軍統制羅日願的未遂政變。羅日願曾支持北伐，尤其不滿史彌遠乞和弄權的行徑，便聯絡了部分軍將、士兵、士人、府學生、歸正人與內侍，準備在他渡錢塘江回臨安那天捕殺他，劫持寧宗升朝，任命新的宰執班子。不料有人告變，羅日願等悉數被捕。
首席執政雷孝友對寧宗説自己能薄望輕，不足鎮服奸慝，寧宗遂敦促史彌遠起復。彌遠擔心守制兩年，局面難料，也就顧不得儒家名教與朝野清議，重新做起了宰相。起復第三天，史彌遠就指政變者為韓黨，羅日願凌遲處斬，其他人多處以各種死刑。彌遠起復，標誌着有名無實的嘉定更化的結束，史彌遠專政時代的開始。
大權獨攬
起復以後，史彌遠繼續在平反“偽黨”、起用“黨人”上博取人心，取悦清議。他任用了黃度、樓鑰、楊簡等著名黨人，還找來了真德秀、魏了翁等知名之士。羣賢點綴朝廷，一時人以為小慶曆、元祐，這正是彌遠老謀深算之處。實際上，他追逐的只是自己的絕對權力。
首先，史彌遠獨攬相權，破壞既定的宰執制度。宋代宰執制度的最大特點就是分割相權，雖有宰相兼樞密使的情況，但都是應付戰爭局面的特例。史稱開禧以後“宰臣兼使，遂為永制”，是錢象祖以右相兼樞密使，但這或出於誅韓形勢的特殊需要。其後錢、史並相，俱兼樞使，不久象祖罷相，彌遠丁憂，但他嘉定二年起復以後，前後在寧、理兩朝獨相達二十五年之久(秦檜獨相也不過十七年)，時鐘並長二府，大權獨攬。可以説，從史彌遠開始，宰相兼使才成定製，這對南宋後期皇權一蹶不振、權臣遞相專政的局面以直接的惡劣影響。在獨相局面下，史彌遠盡選些便於控制的人備位執政，作為擺設。從嘉定六七年起，他專政之勢已成，就經常“決事於房闥，操權於牀第”，破壞了宰執合堂共議的政事堂制度，最高行政權淪為其囊中之物。
其次，史彌遠獨攥官吏任命大權，培植個人勢力。宋代朝官以上的任命例由宰執注擬，經皇帝同意才能正式除授。史彌遠只把任命結果告訴給寧宗，從來不取旨奏稟。宋代京官和選人的除授權在吏部，號稱吏部四選;唯有特殊勛勞者可由政事堂直接注擬差遣，所得差遣較吏部選為快為優，號稱堂除。史彌遠以堂除名義把吏部選的美差都攬了過來。這樣，他就以官職差遣為誘餌，呼朋引類，結黨營私。有一次相府開筵，雜劇助興，一藝人扮士人念開場白：“滿朝朱紫貴，盡是讀書人”，另一角色打斷道：“非也，盡是四明人”，諷刺史彌遠援引同鄉，網羅黨羽。
再次，史彌遠操縱枱諫，控制言路。這是宋代權相專政不可或缺的先決條件。彌遠曾以共同執政為籌碼拉攏諫議大夫傅伯成，示意他彈劾某人，不料遭到拒絕。碰此釘子後，他引用台諫必先期會見，酒餚招待，條件談妥，然後任命，確保台諫俯首效力。儘管如此，他還不放心，便在彈章諫草上大做手腳。台諫論事前，先把福封(即草稿或副本)呈送給他過目，是則聽之，否則易之。還嫌麻煩，乾脆從相府直接付出言章全文讓台諫使用。這樣，史彌遠既杜絕了言路抨擊他專斷朝政的可能，又讓台諫成為他搏擊異己的鷹犬。
嘉定政治，説到底就是史彌遠專政。所有人才進退，政事行否，天下人都知道這是史丞相的意思，以至朝野“皆言相不言君”。而寧宗也習慣了在權臣的鼻息下做他木雕泥菩薩似的傀儡皇帝，無所作為而“垂拱仰成”。
儘管如此，還是有人對史彌遠專政進行了抗爭。當年上書請斬韓侂胄的武學生華嶽，誅韓以後登第為武學進士，擔任殿前司同正將。他目睹史彌遠對外苟安乞和，對內擅權專政，曾上書寧宗，大忤史彌遠。
聽説華嶽要除掉自己，史彌遠立即將其逮捕，判以斬罪。宋代實行死刑復奏制，寧宗對華嶽記憶猶在，關照將其發配海南，意在免其一死。史彌遠陰黠的説：“如此，則與減一等。”寧宗誤以為減一等就是流配，表示同意，而實際上斬罪減一等是杖殺。彌遠上下其手，活活杖死了這位“倜儻似陳亮”的英才。
涉及國本
嘉定十三年(1220年)，皇太子趙曮去世，寧宗仍膝下無子，不得不再次考慮國本大計。次年四月，寧宗選十五歲以上的太祖十世孫入宮學習，意在遴選合適的皇位繼承人，其中以早已入嗣沂王之後的貴和呼聲最高。彌遠不希望貴和入選，因為他對自己專權流露出反感，便物色了另一位太祖十世孫趙與莒。六月，寧宗立貴和為皇子，改名趙竑。史彌遠知道這是寧宗對國本的安排，不便公開反對，就提議再為無嗣的沂王立後，並把趙與莒推薦了上去。寧宗採納了這一建議，將其改名貴誠。[2]
史彌遠知道宋朝南渡之時，曾有不少的皇室子弟流落到了浙西一帶，於是便派余天賜到那一帶去打聽尋找流落到此地的皇室。余天賜不負所望，很快就為史彌遠領回來兩位氣度不凡的皇室子弟。史彌遠見後，覺得非常滿意，二人確實有着天生的富貴之相。於是他便在寧宗面前多次為二人美言，説這兩位皇室子弟是怎樣的天資過人和品行超羣。於是寧宗便召見了這兩位宗室子弟。寧宗見後也是非常滿意，便立年長的趙與莒為沂王的子嗣，並賜名貴誠，授秉義郎。
史彌遠在暗地裏對貴誠和另一個宗室子弟趙閎進行了考察，他發現貴誠是一個為人乖巧、品行端正的人，每次上朝都是面容嚴肅，而且思慮縝密，尤其是對自己畢恭畢敬，所以對貴誠十分滿意，認為日後與貴誠必能合作愉快，所以他在眾人面前常常誇讚貴誠。相比之下，趙閎則總是一副傲慢的姿態，對誰都是不理不睬，更是不把史彌遠放在眼裏，對他獨攬大權的做法十分不滿。兩者通過比較，史彌遠自然是傾向於貴誠一方的。
次年，趙竑進封濟國公，娶了太皇太后吳氏的侄孫女為夫人。這樁婚事應是楊皇后的意思，他對吳氏勢感恩戴德的。史彌遠知道皇子喜歡彈琴，送上一名擅長琴藝的美人作眼線。皇子缺乏心機，不知韜晦，對這位美人十分寵暱，當着她的面大罵史彌遠，還説將來一定要將他發配到海南四州去。
由於溺愛這位美人，皇子冷落了吳氏夫人，她便到楊皇后面前數落皇子的不是。楊皇后特賜水晶雙蓮花，命皇子為夫人戴上，以為調解。但數日後兩人再起口角，皇子一怒碰碎了那對雙蓮花，吳氏又去哭訴，楊皇后自然不高興。
而史彌遠接到那美人的密報，處心積慮不讓皇子登上皇位。他讓自己的同鄉與親信國子學錄鄭清之兼任沂王府學教授，精心輔導與調教貴誠。不久，關於貴誠出生時的種種吉兆在宮廷內外不脛而走。
矯詔廢立
嘉定十七年(1224年)閏八月，寧宗臨死前夕，史彌遠加緊了廢立的步伐。他先讓鄭清之通知貴誠做好即位的準備，然後把兩府執政與專司草詔之職的翰林學士隔在宮外，另召直學士院程珌入宮，許諾事成以後引為執政，與鄭清之連草矯詔二十五道。
其中與廢立關係最大的有三道矯詔。其一，改立貴誠為皇子，賜名趙昀;其二，進封皇子趙昀為武泰軍節度使，成國公。這兩道詔書使貴誠地位與趙竑不分伯仲，政變成功後，史彌遠指使史官將這兩道詔書的日期前移四日，造成貴誠立為皇子完全是寧宗決策的假象。第三道詔書是進封皇子趙竑為濟陽郡王，出判寧國府。
夜漏未盡，寧宗駕崩。史彌遠一方面立即派人宣召貴誠進宮，一方面找到楊皇后的侄子楊谷、楊石，渲染了皇子趙竑對楊皇后干政的反感，讓他們去説服楊皇后同意廢皇子而立皇侄。楊皇后雖對趙竑沒有好感，但不贊成廢立。
楊氏兄弟七次往來於史彌遠與楊皇后之間，最後哭訴道：“如不同意，必生禍變，楊氏一門恐無遺類！”楊皇后知道史彌遠的手段，這才不得不向廢立陰謀屈服，引見了史彌遠與趙昀。在開禧誅韓時，史彌遠不過是楊皇后借重的搭檔，而嘉定廢立中，楊皇后反成為史彌遠利用的配角。
一切安排停當，這才宣趙竑入宮，與百官立班聽宣遺詔：“皇子成國公趙昀即皇帝位。尊皇后為皇太后，垂簾同聽政。”趙竑堅決不肯跪拜新皇帝，硬被殿帥夏震按下了頭。接着以楊皇后名義，宣佈史彌遠預先擬好的第三道詔書：皇子趙竑進封濟陽郡王，出判寧國府。新即位的皇帝就是宋理宗。數日後，趙竑改封濟王，賜第湖州，被監管了起來。
湖州之變
對史彌遠的廢立，朝野不少人感到義憤不平。濟王被監管以後，湖州人潘壬、潘丙兄弟聯絡了太湖漁民和湖州巡卒密謀擁立濟王，他們派堂兄潘甫到淮北爭取李全的支持。李全是一個翻雲覆雨之人，後面還要專門細説他。他玩了一個空袋背米的花招，表面約好日期進兵接援，屆時卻背信爽約。
潘壬兄弟只得倉促起事，粧束成李全“忠義軍”的模樣，夜入州城找到濟王，硬把黃袍加在濟王身上，跪拜如儀。濟王號泣不從，潘壬等以武力脅迫。濟王只得與他們相約不得傷害楊太后與理宗，這才即位。夜色中，起事者以李全的名義揭榜州門，聲討史彌遠私自廢立罪，號稱將領兵二十萬水陸並進。連知湖州事謝周卿也率當地官員入賀新皇帝登基。
天色熹明，濟王見擁戴他的都是些漁民與巡卒，知道烏合之眾其事難成，就派人向朝廷告變，並親率州兵討叛。待史彌遠派出的大軍趕到湖州時，起事者已被濟王討平。潘丙、潘甫當場被殺死，潘壬逃到楚州被捕，押回臨安處斬。
湖州之變(因霅川流經湖州，故也稱霅川之變)，是民眾對史彌遠專政的一種抗議，也表明只要濟王存在就有相當大的號召力。因而儘管濟王不是主謀，而且告變平亂有功，史彌遠也決心斬草除根。
不久，史彌遠派親信余天錫(一説秦天錫)到湖州，説是奉諭給濟王治病，暗地卻脅逼濟王自縊身死，並殺死其子，對外宣佈病故。為平息朝野非議，理宗追贈濟王為少師。但不久史彌遠就指使爪牙上奏，理宗收回成命，追奪其王爵，追貶為巴陵縣公。
這種處理，激起了不少正直之士的憤慨，真德秀、魏了翁和胡夢昱等朝臣不顧罷官流放，接二連三為濟王鳴冤叫屈，胡夢昱還因此貶死。但在處理濟王問題上，理宗只得與史彌遠沆瀣一氣，因為否定了史彌遠，也就動搖了自己繼統的合法性，所以終理宗之世沒有為濟王平反昭雪。理宗與史彌遠既已結成一榮俱榮，一損俱損的關係，史彌遠也就獲取了比寧宗朝更大的擅權資本。
專政尾聲
理宗已經二十歲，之所以還要楊皇后垂簾聽政，一是理宗出身宗室遠族，此舉有助於加強其繼統的合法性;二是史彌遠有意將楊皇后推在第一線，以遮掩與與緩衝其擅自廢立的罪責，對付可能出現的政局動盪。但理宗已年非幼衝，女主垂簾顯然不合趙宋家法。史彌遠對湖州之變的陰狠處理，也讓楊皇后不敢戀棧貪權。寶慶元年(1225年)四月，她主動撤簾還政。
理宗由史彌遠一手扶上皇位，在朝中也沒有根基，儘管楊皇后已還政給他，他還得看史彌遠的臉色行事。直到紹定六年(1233年)史彌遠去世，理宗在權相專政下，“淵默十年無為”，其目的顯然是韜光養晦，保全皇位與性命。從這點看來，理宗還是很有心計的。
寶慶紹定年間，史彌遠的心腹黨羽遍佈朝廷，執政有鄭清之、薛極、袁韶等，台諫官有李知孝、莫澤、樑成大等，地方制帥有史嵩之、徐國、胡榘、趙善湘等，還有知臨安府余天錫等。他最信用的是世人所咬牙切齒的“三兇”和“四木”。“四木”是指名字中都含有“木”字的薛極、胡榘、聶子述和趙汝述。“三兇”是指擔任台諫官的李知孝、莫澤、樑成大，他們是史彌遠的忠實鷹犬，搏擊政敵不遺餘力。太學生們憤慨地為樑成大的名字加上一點，直呼其為“樑成犬”。
紹定六年，史彌遠病重，但仍控制着朝政大權，並越級提拔史氏家族成員到要害職位上，其侄史嵩之數月之內由大理寺卿升為京湖安撫制置使。有朝臣上書指斥史彌遠專政誤國，理宗仍恩寵不衰，先後晉封他為太師、會稽郡王。史彌遠死後，理宗追封其為衞王，賜諡忠獻，還不許朝臣揭露其過失，公開宣佈：“姑置衞王事”。
