秦始皇統一天下後，廢除了分封制，實行郡縣制，不再像周朝一樣分封諸侯國，而是將中國劃分為36個郡。秦始皇一次在咸陽宮大宴羣臣。大臣周青臣讚頌秦始皇道：“陛下平定四海，天下歸心，而以郡縣制代替分封制，更是亙古未有！”
秦始皇十分高興。這時博士淳于越發言：“但據我所知，商朝、周朝能延續千年，正因為它們實行分封制，使得諸侯王能夠保衞中央。如果陛下不搞分封制，假如出現了叛臣或者權臣，陛下又能依靠誰來相救呢？”秦始皇非常生氣。
大臣李斯猜透了秦始皇的意願，便向秦始皇主張：淳于越以古書為據否認當今，必然會造成皇上的威權受到質疑。所以應該實行焚書：史書無關秦朝歷史的燒掉。
秦博士之外，民間敢私自窩藏儒家《詩》《書》及諸子百家書的，地方官一律沒收焚燬；討論儒家經典的一律斬首，以古書否定當朝的滅九族，官員知情不報的同罪。
始皇同意。這便是歷史上着名的“焚書”。焚書後一年，有姓侯、盧的兩個書生，本來受命為秦始皇求長生不老之藥，後來認為秦始皇貪於權勢，求藥也是白求，於是請求辭職。
秦始皇大怒，又想到以往屢屢求仙藥不得，都是被這些書生坑害的，於是下令將國內四百六十多個方術之士和書生統統活埋。這便是歷史上着名的“坑儒”。
焚書坑儒後沒多久，陳勝、吳廣起義，起義帶動了全國的反秦浪潮，不久秦朝滅亡。陳勝起義時，齊魯大地的讀書人都歸附陳勝，甚至孔子的後人孔甲還做了陳勝的博士。
漢朝建立後，民間不少學者也紛紛做了漢朝的博士，或者他們的傳人被立於官學，比如治《詩經》的申培公、轅固生、韓嬰，治《儀禮》的高堂生、治《周易》的田何等。這些學者在秦朝焚書後被普遍邊緣化，漢朝建立後，因為文化重建的需要，又漸漸回到了政治的中心。
漢武帝時，在漢文帝時期的《詩經》博士及各種傳記博士的基礎上設立了五經博士，除了文帝時的《詩經》博士以外，還有《尚書》的歐陽生、《儀禮》的後蒼、《周易》的楊何、《春秋》公羊家。
漢武帝還為博士設立弟子，弟子中成績優異的，便授以郎中或文學掌故的職位。漢武帝時的五經博士在漢宣帝時又增至十二博士，同一部經典，不同的家法可以同時設立不同的博士。
直至董仲舒“罷黜百家，獨尊儒術”，儒家才完全確立了正統地位，所謂“罷黜”，並不是禁絕其學術，董仲舒自己的學説就使用了不少陰陽家的思想。
“罷黜”僅僅是不為其立博士，其目的也不是實行文化專制，而是確立五經的尊嚴。《孟子》雖為儒家，但因其不屬於五經，所以原來的《孟子》博士也同樣被廢除。
錢穆、徐復觀先生皆有專文，論述“罷黜百家，獨尊儒術”並非文化專制，此不細談。至於《詩經》《尚書》等經典文本在“焚書”後的重定，一方面由於秦朝不可能搜遍世間所有圖書，所以偶有漏網也必不可免。
特別是如《詩經》一類朗朗上口、易於記誦的經典，更是容易流傳，而《周易》因為是占卜之書，反而不在焚書之列；而另一方面，也是由於一些學者的冒死保護，才守住了這些典籍。
比如治《尚書》的伏勝，本來是秦朝的博士，秦始皇焚書後，伏勝害怕受牽連，便將《尚書》藏在家中牆壁。漢朝建立後，漢文帝想要請伏勝出來做官，伏勝已經九十歲了，不願出行，漢文帝於是派晁錯向他學習《尚書》。
伏勝於是回家找到了牆壁中的《尚書》，但由於離家太久，壁中書損毀不少，只剩下二十九篇，於是這二十九篇便作為可信的“今文尚書”傳了下來。
伏勝的故事到了《尚書序》中有了一個更為曲折的版本：晁錯來找到伏勝，伏勝年老，而壁中書已完全損毀，伏勝只能憑着一個老頭九十歲的記憶，把《尚書》的內容一句一句地背了下來，因為伏勝已經口齒不清，晁錯聽不清他説什麼，伏勝只能通過自己的女兒轉述給晁錯。
文化是一個民族恆定的心理結構，並不能被政治的力量所抹殺。相反，在中國的崇文厚德的國度裏，政治常常需要從文化中獲得自身的正當性和合法性。
秦始皇焚書坑儒，是因為自身的統治經不起文化的質疑，而漢武帝獨尊儒術，也是因為自身的統治需要文化的支撐。牟宗三先生認為儒家應該“三統並建”：即道統、政統、學統。
文化制約政治，也指引政治，政治實現文化，也擴充文化。五千年的歷史，其實也是政治與文化的互動史。而這種良性互動，也應該成為文化和政治的常態。
