胚胎選擇最常用的方法為形態學評估，但依據形態學篩選後適合移植的胚胎不超過總數的35%。
另一種胚胎選擇的方法為移植前的基因篩選(PGD)。經典的PGD是取第3天胚胎中的一個細胞熒光原位雜交(FISH)進行染色體非整倍體分析，選擇染色體為整倍體的胚胎進行移植。
形態學評估
一、胚胎的生長速度
胚胎的發育是精子和卵子在受精後的16-20個小時，卵子出現雌雄兩個原核，24-26小時候分裂成二細胞，44-48小時為四細胞，64-72小時則為6-8細胞，105-110個小時後就會變成囊胚。現在泰國進行的試管嬰兒的治療，一般都在取卵後的2-3天左右進行，這時的胚胎應該是2-6細胞或者4-8細胞的，如果胚胎沒有達到這個數目或者生長的過快，就是移植胚胎額種植率也會很低的。
二、胚胎中卵裂球的形態
卵裂球的形態就是胚胎中每個細胞的大小是否一致，形狀是否相似，是否相互對稱。首先選擇的就應該是大小一致、形狀對稱的胚胎，這些也是人們常説的優質胚胎。同樣的也有人認為，可以通過觀察受精後16-20小時卵子出現的雌雄兩個原核的形態來判斷是否是優質胚胎。
三、胚胎中的碎片多少
許多的試管嬰兒中心，把碎片體積少於總體積5%的胚胎認為是最好的，25%以下都為可以用的，50%以上的都是不能進行移植的。國外有的生殖中心會通過顯微操作的方式把胚胎中的碎片抽取出來，然後再進行胚胎的移植，認為這樣可以提高胚胎的種植率。但是現在為止比較一致的看法還是儘量選擇隨便小而少的胚胎，這樣的胚胎有利於移植後的成活。
植入正常的胚胎會增加胚胎的着牀率，對要求雙胞胎的會植入兩個以上的胚胎也是很有助於成功的。所以選擇以及胚胎，對試管嬰兒的成功是很重要的。
