1.孕卵異常孕卵異常所致的流產，佔自然流產半數以上，尤其是在早期流產中。有人分析了1000例流產後發現，孕卵異常佔48%。經病理分析後發現，其中63%是卵子發育不良，受精卵早期分裂、蜕變，以致流產。孕卵異常是由於精子或卵子的缺陷，或兩者均有缺陷所致。在妊娠早期，與母體缺乏維生素、葉酸、透明質酸酶等物質，妨礙了孕卵的正常發育有關。
2.前列腺素因素有人在剖宮終止妊娠的羊水標本中發現並不含前列腺F2或F2a，而在自然流產的羊水標本中，這兩種前列腺素的濃度卻都很高，前列腺素樣活性物質還存在於孕婦的外周靜脈血中。由此證明，自然流產時高頻率的宮縮是由內源性前列腺素所造成的。
3.染色體異常自然流產胎兒經染色體研究發現，60%有核型異常。核型異常者，每每伴有胎兒或胎盤等一種結構上的異常。
4.內分泌失調雌激素過多與孕酮不足，是早期流產的原因。因為在妊娠12~14周時正處於胎盤形成代替妊娠黃體功能時期，此時容易內分泌失調。此外，甲狀腺素缺乏，使細胞的氧化過程受到障礙，以及甲狀腺功能亢進和糖尿病等，均可導致流產發生。
5.胎盤異常早期妊娠時，蜕膜炎可使底膜出血或增生，絨毛膜上皮細胞或蜕膜細胞被溶解，絨毛內血管阻塞，影響營養物質的吸收與運送，使孕卵從附着處分離、出血而流產。胎盤的巨大梗塞，可降低胎盤功能，影響胎兒生存，以致流產。此外，前置胎盤、胎盤絨毛水腫變性，也可造成流產。
6.血型不合由於以往妊娠或輸血RH因子、不合的ABO血型因子在母體內產生抗體，當此次妊娠由胎盤進入胎兒體內與紅細胞凝集而產生溶血，以致流產。
7.生殖器官疾病子宮畸形，如雙角子宮、子宮腔縱膈等，常是流產的原因。患了子宮肌瘤，尤其是粘膜下肌瘤，或得了嵌頓在骨盆腔中的卵巢囊腫，也可影響胎兒發育而導致流產。子宮頸口的鬆弛，易造成習慣性流產。
8.絨毛間質膠原樣疾病這種病變，可使絨毛血管退化，從而造成流產。
9.精神因素過度緊張、恐懼，嚴重精神刺激，均可引起流產。
10.母親罹患全身性疾病如急性嚴重傳染病，慢性疾病(如嚴重貧血、嚴重高血壓、心臟病，慢性腎炎等)，維生素缺乏(尤其是維生素E缺乏)，以及汞、鉛、酒精等慢性中毒，均可造成流產。
