1928年初，国民党在中央组织部中设立专职情报的“党务调查科”，此时，军队系统也有“参谋本部第二厅”，负责军事谍报与电讯侦测;1931年，“中华民族复兴社”(又称“蓝衣社”)的秘密核心组织“力行社”下设“特务处”，从事情报暗杀活动。1932年，党务调查科扩充为“特工总部”，1935年改组为“党务调查处”。
1937年4月，徐恩曾负责的“党务调查处”与戴笠负责的“力行社”合并为“国民政府军事委员会调查统计局”，由陈立夫任局长;原调查处为一处负责党务，仍由徐恩曾任处长;原力行社为二处负责特务，仍属戴笠管理。可以看出，初创阶段的国民党特务机关，组织机构变动相当频繁。
1937年七七事变全国抗战，1938年初国共达成合作，随着国共第二次合作的形成和抗日战争的不断深入，共产党在国统区由完全秘密转为公开;人民的抗日爱国运动亦日益高涨，势不可挡。1938年春，蒋介石借口抗日战争时期国难当头，为了防止日谍汉奸活动，提高工作效率，增强抗战力量，在3月29日召开的国民党临时全国代表大会上决定把原有的国民政府军事委员会调查统计局改组，扩大成为3个公开的特务组织：
一、以第一处为基础，建立隶属中央党部秘书处的国民党中央执行委员会调查统计局(简称中统或中统局)，局长由国民党中央秘书长朱家骅兼任，徐恩曾任副局长，由徐负责日常实际工作。
二、第二处扩大为隶属军事委员会办公厅的军事委员会调查统计局(简称军统)，首任局长由陈立夫兼任，戴笠任副局长。这个局简称“军统”。
三、隶属军事委员会办公厅的特检处(主管邮电检查)。
1 9 3 8 年 8月，国民政府军事委员会调查统计局成立，简称"军统"它是国民党两个主要特务组织之一。其前身是复兴社的核心组织"力行社"的特务处。军统局内勤组织共有八处、六室、一所;"军统"的基本组织是"组"及直属情报员，它们的特工人员分布到国民党的军队、警察、行政机关以及交通运输等各个部门。1940年4月，蒋介石为集中对日本军队电讯密码的破译力量，下令BIS“特种技术研究应用处”(6处)加强对日情报工作。在6处中，池步洲担任了军政部军用无线电总台第43台主任。1941年5月开始，池步洲在破译的日本外交密电中，他已感到日本要对美国“采取断然行动”了，并判断： 日本对美进攻的地点可能是在珍珠港， 发动战争的时间可能选择在星期天。 军统局破译出日本海军将要偷袭珍珠港的密电后，通知美国海军，但孤立主义情绪泛滥的美国当局怀疑是中国挑拨日美关系，未引起重视，以致酿成严重后果。
1946年8月军事委员会改组成国防部，军统局的正式名称亦改为国防部保密局。其公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长;秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。解放战争期间，军统主要对付共产党，如在11月27日对关押在渣滓洞、白公馆等地的革命志士进行了惨绝人寰的集体大屠杀，200多位革命志士倒在了胜利的黎明之前。
根据沈醉的回忆录，戴笠曾任用张国焘组织对共产党的情报工作，并在西北设置情报站，进行对我党根据地的活动，但是由于张为高层叛变人员，并不清楚基层组织的运作方式，仅通过回忆录的方式向军统提供关于党内的高层信息，在张国焘任职期内，渗透工作从未成功，之后张逐渐失去戴的信任，离开军统。1946年戴笠乘坐飞机失事死后，军统局进行改组，其公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长;军统局的正式名称亦改为国防部保密局，毛人凤为局长。专责保密防谍工作，确保国家安全。
