1、誘發胃食管反流和胃潰瘍。空腹時不能大量喝檸檬水，會造成胃酸過多，胃部疼痛的毛病，尤其是兒童和老人不能空腹飲用。人的血液pH值約7.35~7.45，檸檬約2~3，胃酸為1~2。雖然檸檬沒胃酸酸，但仍會刺激食管和胃黏膜，並促進胃酸分泌。因此，不少人，特別是胃腸不好者，喝檸檬水（尤其是在空腹情況下）會出現胃痛、胃酸逆流、胃灼熱、乾咳等不適，成為胃食管反流和胃潰瘍的誘因。
2、侵蝕牙齒表面的琺琅質。檸檬水的酸性非常大，特別容易腐蝕牙釉質，造成牙齒問題，讓牙齒變得脆弱易蛀。
3、脱水。補水不夠，攝入過量的檸檬則會對健康造成危害。檸檬也是一種天然利尿劑。如果及時補充流失的水分，檸檬有益於健康。
4、易形成腎和膽囊結石。檸檬含草酸鹽，如果攝取過量，會在體內形成結晶，最終可能演變成腎結石和膽囊結石。
5、熱水泡檸檬，胃病加劇。檸檬片泡熱水，高温會使檸檬外皮釋出更多鞣酸質，長期飲用易使胃收縮，導致胃痛及胃酸逆流加劇。
