農業源普查對象為2899638個。其中：種植業38239個，畜禽養殖業1963624個，水產養殖業883891個，典型地區(指巢湖、太湖、滇池和三峽庫區4個流域)農村生活源13884個。
農業污染源
農業源(不包括典型地區農村生活源，下同)中主要水污染物排放(流失)量：化學需氧量1324.09萬噸，總氮270.46萬噸，總磷28.47萬噸，銅2452.09噸，鋅4862.58噸。
種植業
1.主要污染物流失(排放)情況
種植業總氮流失量159.78萬噸(其中：地表徑流流失量32.01萬噸，地下淋溶流失量20.74萬噸，基礎流失量107.03萬噸)，總磷流失量10.87萬噸。
種植業地膜殘留量12.10萬噸，地膜回收率80.3%。
2.重點流域排放情況
重點流域種植業主要水污染物流失量：總氮71.04萬噸，總磷3.69萬噸。
畜禽養殖業
1.主要污染物排放情況
畜禽養殖業主要水污染物排放量：化學需氧量1268.26萬噸，總氮102.48萬噸，總磷16.04萬噸，銅2397.23噸，鋅4756.94噸。
畜禽養殖業糞便產生量2.43億噸，尿液產生量1.63億噸。
2.重點流域排放情況
重點流域畜禽養殖業主要水污染物排放量：化學需氧量705.98萬噸，總氮45.75萬噸，總磷9.16萬噸，銅980.03噸，鋅2323.95噸。
水產養殖業
1.主要污染物排放情況
水產養殖業主要水污染物排放量：化學需氧量55.83萬噸，總氮8.21萬噸，總磷1.56萬噸，銅54.85噸，鋅105.63噸。
2.重點流域排放情況
重點流域水產養殖業主要水污染物排放量：化學需氧量12.67萬噸，總氮2.15萬噸，總磷0.41萬噸，銅24.62噸，鋅50.15噸。
