毒理：蒼耳過量服用容易中毒，據初步研究，多數學者認為這與其含毒性蛋白有關，也有部分學者認為毒性物質為蒼耳甙和生物鹼。毒蛋白是一種細胞原漿毒，其毒性可影響到機體的各個系統，常損害肝、心、腎等內臟實質細胞，使之發生混濁、腫脹、壞死，並使毛細血管擴張，血管滲透性增加，引起廣泛性出血。中毒者常因呼吸及循環衰竭而死亡，同時出現消化及神經系統功能障礙，尤以肝臟損害為甚，有的還因出現肝昏迷而迅速死亡，即使治癒，也易留下肝脾腫大的後遺症。通過加熱，能破壞毒蛋白的毒性。
毒性：蒼耳全株均有毒，蒼耳子仁脱脂部分的水浸劑毒性很大。若蒼耳子用量過大(30克以上)或誤食蒼耳子10枚以上，可致中毒。金傳山等按0.2毫升/10克劑量給小鼠灌腸，每組10只，觀察24小時內小鼠死亡數量。結果生品致小鼠死亡8只，炒品3只，炒後去刺則無死亡。其所作毒性實驗結果證明蒼耳子炒後去刺毒性最小，炒品次之，生品毒性最大。
中毒治療：早期宜用催吐法，吐後即用牛奶或豆漿500毫升温服。服藥超過4小時者，宜用芒硝口服以瀉下排毒，並應暫停飲食數小時至一天，在此期間大量喝糖水，或銀花甘草綠豆湯以解毒、養陰。嚴重者早期可洗胃、導瀉及用2%生理鹽水高位灌湯，配合高滲葡萄糖靜脈注射。可注射維生素K預防出血，必要時考慮輸血漿，有出血傾向者，可服中藥雙花、生地、丹皮、甘草、白茅根、小薊等清熱解毒，涼血止血。有肝臟損害者，可服枸櫞酸膽鹼、肌肉注射甲硫氨基酸並給低脂飲食。
