目前鉛已是環境中的重點污染物之一，隨着工業的快速發展及“三廢”物質的大量排放，水體中的鉛等重金屬含量越來越高。如人們食用加工粗糙的慈菇，就可能會導致慢性中毒，對健康產生較大的危害。有研究發現，隨着水體、土壤中鉛濃度的增加，慈菇各部位鉛含量呈上升趨勢，鉛殘留量以慈菇球莖表皮最高，頂芽次之，去皮球莖最少。當土壤和水中的鉛濃度達到每升50毫克時，慈菇頂芽的鉛殘留量為每公斤0.22-0.25毫克，表皮的為0.29-0.37毫克，均超過每公斤0.2毫克鉛這一無公害蔬菜產品國家標準限量值。
如果將慈菇球莖表皮去除後，鉛殘留量為每公斤0.11-0.12毫克，低於國家標準，這時食用，相對安全。
專家指出，慈菇球莖在土壤中成長，表皮直接接觸土壤中的鉛而導致吸收和積累較多，從而使得慈菇球莖表皮的鉛積累量最高。
為保證慈菇食用安全，加工時首先不要怕麻煩，認真去除表皮，其次不要怕浪費，要把頂芽掐掉。
