明朝代元而興，原有的回回人和回回工匠大都歸附於明朝。於是原來在官營手工業作坊工作的工匠，大都成為個體工匠或轉入其它行業。隨着明代封建經濟的發展及回回農業生產規模的擴大，一些具有回回民族特色的手工業也應運而生，並不斷髮展壯大。在回回民族中，具有重要影響的手工業生產主要是：
1.制香業。制香業是和回回傳統的香料貿易業相聯繫的。福建泉州蒲家，自元以來就一直從事制香行業。明初時因受迫害，逃亡永春、德化等地。但在到達永春、德化後，仍然繼續經營制香業。如蒲氏14世孫蒲世茂在永春創置的香浦室，一直延續至解放以後。北京的“香兒李家”，其祖傳制香業，據説也有數百年的歷史。
2.製革業。製革也是回回人的傳統手工業，最初主要集中於西北河州和張家川兩地。此後又逐步發展至河南省周口、朱仙鎮、孟縣桑坡，山東省濟寧，甘肅省平涼等地。從業人數既多，技術力量也極雄厚。據説河南省的製革和皮毛生產，差不多全為回回人所壟斷。而河南的製革，又以桑坡最有名。俗有“人知桑坡，而不知孟縣”之説。
3.製藥業。回回醫藥，元代就已馳名遐邇。
1270年(元至元七年)，元政府在大都就設有“廣惠司”，專職“修制御用回回藥物及和劑”，以為諸宿衞士治病。1292年(至元二十九年)，又設“回回藥物院”“掌回回藥事”，影響之大，不難窺其一斑。在陝西、山西和江浙一帶，從元、明以來，民間還出現過不少靠賣藥為生的人。如丁鶴年，一生顛沛流離，為謀生存，就“寄居僧舍，賣藥以自給”。又如屯田於鈞州的回回人，也有不少經營製藥業的。據傳雲南孫繼魯家族，就是一個醫藥世家。
其子創置的“萬鬆草堂”藥店，直到近代，還以祕製丸、散、膏丹聞名。北京王回回膏藥、金回回膏藥、馬思遠藥錠，揚州夏子恆製作的明眼藥、止咳餅、神功救急丸等，都名聞遐邇。常州沙氏，還因善泡製中藥，在北京開設許多分店。此外，如洗染、製鹽、制皂、磨面加工、銅錫、採礦等也有一定發展。
