徐輝祖和明成祖朱棣還有一個親戚關係，這個人就是朱棣的燕王妃，也就是日後的仁孝徐皇后。這位徐皇后就是徐輝祖的姐姐了，但是關於二人是否一母同胞還有待商榷。
在歷史中並沒有明確的記載，徐輝祖和徐皇后是不是一母同胞的，但是卻可以根據歷史的記載做出一些合理的推斷。徐皇后和徐輝祖是同一年死的，也就是永樂五年，根據記載徐祖輝當時是四十歲，而徐皇后是四十六歲，也就是説徐皇后比徐祖輝大。
另一方面徐祖輝的母親應該是謝再興的次女，朱文正的妻妹。當時謝氏嫁給徐輝祖的父親徐達的時候，已經有這個女兒了，所以再次可以斷定徐皇后是比徐輝祖年紀大。民間又傳言説，徐達的糟糠之妻因為亂説話而被處死了，這個糟糠之妻可能就是徐皇后的生母。
而且根據日後徐輝祖和朱棣分道揚鑣的情況來看，似乎徐輝祖和徐皇后兩個人關係本來就不好。但是徐輝祖觸怒了朱棣最後卻沒有被殺，這裏面很大一部分原因就應該是礙於徐皇后和徐輝祖的關係。而且徐輝祖的父親徐達是朱元璋最為信任的人之一，徐達二十二歲就跟着朱元璋打天下，是明朝的開國功臣，朱棣不可能不顧徐達的面子，不顧自己的老父親的面子。
而對於徐輝祖和徐皇后，二人可能並沒有過多的交集，武皇后在洪武九年也就是1376年的時候就被封為了燕王妃，嫁給了朱棣，當時徐輝祖也不過才八歲罷了。
徐輝祖的免死鐵券
徐輝祖之所以最後會被朱棣給囚禁起來，主要的原因還是因為他的那塊“免死鐵券”。當時朱元璋為了表彰有功之臣，特發給了每個有功之臣一塊“免死鐵券”。
“免死鐵券”可以説是明朝皇帝對於臣子最大的賞賜了，因為它真的可以免死。根據朱元璋自己的話説就是“除謀逆不宥，其餘若犯死罪，爾免三死，子免二死，以報爾功。”作為明朝的開國功臣之一的徐達自然也有一份，當然徐達死後鐵券就到了嫡長子徐輝祖的手中了。
朱棣進入南京之後，所有的人都去迎接他，對他三拜九叩俯首稱臣，只有徐輝祖不去。徐祖輝一個人坐在了自己父親徐達的祠堂裏。徐達是誰，是朱棣的老丈人、明朝的開國功臣、中山王，朱棣能怎麼辦。朱棣其實早就想把徐輝祖給辦了，無奈徐輝祖有一塊“免死鐵券”，那個可是朱元璋賞的，朱棣要是殺了徐輝祖，不是忤逆了父親，本來就是搶來的皇位，要是再加上一個不孝敬先父的罪名，朱棣的皇位也是坐不穩了。
於是朱棣打算讓徐輝祖自己把自己的罪名給寫下來，徐輝祖於是就把“免死鐵券”上面的字給抄了下來。朱棣一看大發雷霆，又不能殺了他，所以只能把他給囚禁了起來。到了永樂五年的時候，徐輝祖也就病死了。
