蔣經國上台之後，面臨的就是台灣情報系統已經存在的兩股勢力：其一是台灣原先最大的情報單位——保安處，它是沿襲日佔時期駐軍司令部“特務機關”和抗戰時期的“戰區第二處”的編制而設立的;其二是以大陸過來的“中統”和“軍統”系統為班底的保密局，這兩股勢力的頭子分別為：彭孟緝和毛人鳳。
蔣介石和蔣經國都明白，要整合台灣的情報系統，必須先搬掉這兩塊石頭，為了能讓蔣經國儘快上位，蔣介石首先親自出手勸退了中統的陳立夫，其後授意蔣經國多次在公開場合宣稱：“軍統、中統兩大特工組織合為一家，嚴加整肅，統一運籌。”
看到蔣經國親自出馬，彭孟緝不敢託大了，一方面，彭孟緝只是一個“台灣省保安中將司令”，當時台灣島“將星如雲”，上將、中將一抓一大把，所以毫不起眼;另一方面，彭孟緝一直供職于軍隊，在情報系統沒有什麼家底，當初，蔣介石也是希望對毛人鳳有所制約才將他安插進情報系統的，現在有個更大的官壓陣，他當然就要把位子讓出來，所以，彭孟緝是完全按“太子”眼色行事，不敢有半點出軌。
但是毛人鳳卻沉不住氣了，誰願意在春夏辛苦耕耘後，到秋天任他人摘取自己的勞動果實？也許是到了一定年紀，自詡也算是“功臣”了，毛人鳳一反常態，自恃有蔣介石做靠山，居然在國民黨的中常委會上聲稱：“情報工作是很專業的東西，不能讓外行來領導內行，戴老闆生前就説過，軍統是10萬人的大家庭，要管理好可不容易啊！”這些話當然傳到了蔣經國的耳中。
但是蔣經國並不急於反攻，此時他信心滿滿，正在編織自己的大好前程，在他看來，毛人鳳再鬧騰，也只是一隻秋後的螞蚱，得意不了幾天，有老爸蔣介石撐腰，將來保密局總歸是自己的囊中之物，可是很快他就發現，毛人鳳對他不僅只是口頭的不滿，更是處心積慮地在挖陷阱，想要讓他身敗名裂。
毛人鳳暗中收集了蔣經國的親信毛邦初在美國受賄貪污的消息，報到蔣介石的案頭上，蔣介石雖然沒有如毛人鳳所期待的那樣真的查辦，但還是把蔣經國給結結實實地教訓了一通，弄得蔣經國好長一段時間抬不起頭來。
這件事激起了蔣經國的鬥志，他決心要給毛人鳳點厲害看看，這時，毛人鳳的宿敵，國民黨情報老手鄭介民向蔣經國獻了一計：開辦訓練班，召訓新生及複訓保密、內調兩局現有幹部;在此基礎上，將兩局人員混編，以打破兩局長期以來的半敵對狀態，建立現代諜報體制，結束私人割據的局面。
這是對諜報系統的根本改革，也是對毛氏的“獨立王國”的根本動搖，非同小可，蔣經國不敢擅自拍板，必須蔣介石點頭，而要蔣介石點頭，並不是一件容易的事。
蔣經國還是不露聲色，採取挖牆腳的辦法，來了個釜底抽薪，他將保密局二處處長葉翔之拉攏過來，委以重任，這樣一來，保密局內的眾骨幹也紛紛“跳槽”，眾叛親離後，毛人鳳就只剩個光桿局長，但毛人鳳也不是省油的燈，他得知蔣經國的行動後，一不做二不休，以蔣介石提倡的“整肅紀律”為由，將葉翔之收受賄賂170根金條的罪證搜齊後，準備親自呈報給蔣介石。
葉翔之慌了神，哭哭啼啼地找到蔣經國，蔣經國一驚，忙安慰道：“葉處長不用擔心，總統那裏我去説，這樣吧，你來我這裏，擔任大陸工作處處長。”旋即，他親自趕往蔣介石處，稱：“保密局有個高級特工葉翔之，由於家庭生活困難，收了一點禮，毛人鳳便要嚴辦他，我覺得此人是個人才，過去在大陸完成了許多重要任務，又是初犯，且已經退了賄禮，能不能網開一面，讓他戴罪立功？”
蔣介石本來就想栽培兒子，今見蔣經國親自説項，更認定葉翔之可以重用，當即便同意蔣經國的請求，不曾料到，蔣經國手握尚方寶劍前腳剛走，毛人鳳隨後便把葉翔之的材料送來了。
不料蔣介石看完材料後卻大為生氣：“你們到底怎麼搞的？葉翔之明明是一個好官員，為什麼非要整他？”
毛人鳳哪敢置辯，灰溜溜地走了，他再一次領教了蔣經國的厲害，終於明白他自己是鬥不過蔣經國的，他有點絕望了。
心灰意冷的毛人鳳突然想到了宋美齡，自從“打虎”事件後，宋美齡和蔣經國因為權力之爭，已漸生齟齬，她知道蔣經國上台，對宋家人十分不利，而毛人鳳的特務系統好歹是一個獨立存在的勢力，有他存在，多少可以牽制蔣經國的行動，所以宋美齡答應了毛人鳳的請求，替他在蔣介石面前説了好話，經過宋美齡的調解，蔣經國總算收回了要搞垮保密局的打算，然而，他和毛人鳳之間的關係卻一直十分緊張。
1954年，蔣介石再次改革情報系統，一方面設立以鄭介民為局長的“國家安全局”，撤掉“總統府機要室資料組”，該局直屬於蔣經國任副祕書長的“國防安全會議”，由於主席和祕書長都是兼職，蔣經國成為“國家安全局”的實際領導者;另一方面以原保密局為班底分別設立仿照美國“中央情報局”(CIA)模式的“國防部情報局”和仿照美國“聯邦調查局”(FBI)模式的“司法行政部調查局”。
此外，像憲兵部隊、大陸工作會、海外工作會、駐外武官處等情報機構均定期向“總政治部”及“國家安全會議”報告，接受督導，至此，蔣經國成為全島超過5萬特工人員的“共主”，蔣經國掌握的情報系統，嚴格執行蔣介石“保密防諜”的旨意，延續了1949年5月以來的“非常戒嚴”氣氛，甚至有過之而無不及。
