陝西農民起義正蓬勃興起的時候，洪承疇來到陝西做官。萬曆以來，陝西、山西一帶災荒連年，百姓生活處於水深火熱之中。史書記述當時秦晉災情，就有民“食土”的現象。到崇禎初年，由於連年乾旱無雨，百姓無以為食，只好爭食山間蓬草籽。十月以後，草籽食完，只好剝樹皮吃。至年終，樹皮也都食光了。不得已只好掘山裏一種叫青葉石的東西吃。人吃石頭，自然不能消化，不幾天就會腹脹而死。有些父母顧不了子女，只好將嬰兒丟棄，希望有人去收養。可是，在那種年月，誰又能去收養孩子呢？據記載，在安塞城西的糞場上，每天都有幾個小孩在號叫、涕泣，在吃糞。陝北一帶還出現了人食人的現象，煮人肉以為食，焚人骨以為薪。面對這種情況，有點血氣的農民，自然想到與其坐而等死，不如結夥為“盜”。農民沒有辦法繼續生活下去，只好鋌而走險，至少還有一線生機。
陝西農民起義，一説起於萬曆末年，一説起於天啟七年(1627)。最初是一些被派到遼寧作戰的陝西兵丁，在明軍潰敗之後逃回陝西，於延綏(今陝西榆林)聚眾落草。不過，當時朝廷並沒有注意，仍然集中力量用兵遼東。可是，陝西的農民起義並不僅在延綏，而是許多州縣都有，從幾十人到幾百人，甚至幾千人。有的起義之後，就由陝入川。直接釀成陝西農民大起義的，是天啟年間澄城縣農民王二的發難。據文秉在《烈皇小識》中記載：
天啟丁卯，陝西大旱，澄城知縣張鬥耀催科甚酷，民不堪其毒。有王二者，陰糾數百人聚集山上，皆以墨塗面。王二高喝曰：“誰敢殺張知縣？”眾齊聲應曰：“我敢殺！”如是者三，遂闖入城。守門者不敢御，直入縣殺鬥耀。眾遂團聚山中。
於是一呼百應，這場本來規模不大的農民起義，像在乾枯的草原上燃起一把烈火，很快形成燎原之勢。繼澄城王二起義之後，有府谷縣王嘉胤率楊六、不沾泥聚眾起義;清澗縣王左掛(即王子順)，率部於宜川起事;安塞人高迎祥率眾起義。此外，還有漢南人王大梁、清澗縣書生點燈子、延西的神一元等相繼起義。陝西大部分地區的農民都舉起義旗。至於起義的直接原因，自是賦税苛重，加上旱災嚴重。農民經受不住殘酷的盤剝，官逼民反。那時的陝西巡按御史李應期上書説：
慨自邊疆多事，徵兵徵餉，閭閻十室九空。更遇連年凶荒，災以繼災，至今歲而酷烈異常也。臣自鳳漢興安巡歷延慶、平涼以抵西安，但見五月不雨，以致於秋，三伏亢旱，禾苗盡枯，赤野青草斷煙，百姓流離，絡繹載道。每一經過處所，災民數百成羣，擁道告賑。近且延安之宜、洛等處，西安之韓城等屬，報有結連回羅，張旗鳴金，動以百計。白晝 掠，弱肉強食。蓋飢迫無聊，鋌而走險。與其忍餓待斃，不若搶掠苟活之為愈也。
這種現象在陝西全省，甚至全國普遍存在，各州各縣都是一觸即發，幾個月間，僅陝西一省就有洛川、淳化、三水、略陽、耀州、宜君、韓城，以及石泉、綏德、潼關、陽平關、金鎖關等州縣，爆發了農民起義。與此同時，又有延安人張獻忠糾眾起義，號稱八大王;米脂人李自成也於此時率部起義，號稱為闖將。對明王朝來説，那時在陝西，農民起義已釀成不可收拾的局面。
最初，陝西地方官不願正視農民起義的事實。在西安的陝西巡撫胡廷宴，一聽到州縣來報告農民為盜搶劫，就將來報告的人痛斥一頓，説這些農民本是饑民，明春有吃的自會平息的。後來朝廷下令“查核匿盜”，各層官吏互相推諉，不願負責任。據史書記載：
先是二月，兵部以陝西巡撫胡廷宴題全陝大飢，軍民盜劫。奉旨查核匿盜，巡按御史吳煥言秦寇慘掠，古所罕有。陝撫胡廷宴，狃於積弛，束手無措，則舉而委之邊兵。至延綏巡撫嶽和聲，諱言邊兵為盜，又委之內地。總之，兩撫欺世釀患。致奸民悍卒相煽不已，而涇陽、三原、富平、耀、郇、三水、淳化、蒲城、白水、韓城、朝邑等處，皆被盜矣。盜發於白水之七月，則邊賊少而土賊多。今年報盜皆騎鋭，動至七八千人，則兩撫之推諉隱諱，實釀之也。
這段材料説明，明朝地方官對農民起義風起雲湧的形勢，認識不足，更束手無策，只能互推責任。史書指責由於這些地方官互相推諉，以致釀成大禍。其實並不盡然，當時對待農民起義的辦法，無非剿撫兩手。從當時農民起義形勢來看，無論剿或撫，都無法平息農民起義的接踵而起。
崇禎二年(1629)，明朝任命都察院左副都御史兼兵部右侍郎楊鶴，總督三邊軍務，全權處理陝西的農民起義。楊鶴一開始見起義農民四處皆是，壓不勝壓，此伏彼起，官軍進剿，收效甚微。同時，他聽陝西地方當局報告，農民皆因饑荒而起。他從官方形勢來考慮，知道那時明軍戰鬥力極差，剿滅起義軍也非易事，而且要調動大量軍隊，耗費許多軍費。他又從農民起義者一方來看，農民起義於各州各縣，甚至各鄉各村都有，各股武裝分散活動，並沒有統一的嚴格組織;他們聚義造反，初起時也沒有什麼明確目標。官方若用招撫政策，農民對立情緒緩和，比較容易解決問題。所以，主撫也有一定道理。衡量利弊，他決定採取以招撫為主，以剿為輔的政策，得到相當一部分朝臣和地方官的支持。崇禎帝也一度認可。當然，也有一部分朝臣和地方官不同意這種政策。
那時候，陝西由於連年饑荒，農民軍起義之後，很難在當地解決糧食問題，像王嘉胤、羅汝才、張獻忠、李自成等部在起義之後，就紛紛進入山西。留在陝西勢力最大的是神一魁，一度擁眾達六七萬人，包圍了慶陽府城。楊鶴派人對他們招撫，神一魁大約也看到前途艱辛，就答應接受招撫。神一魁被授予守備職務，部眾被遣散回鄉。為配合招撫，明廷撥十萬銀兩到陝西放賑。不少著名的農民軍頭目，如點燈子、滿天星、上天龍、獨行狼、王老虎等都先後就撫。一時陝西形成撫局。然而，明朝的措施並沒有解決多少問題，被遣散的起義軍戰士，實際上得不到多少安家費，生活仍然無着，照樣分散剽掠。地主、富户依然受到威脅，為此，他們大多並不贊成“招撫”。加之陝西全省饑荒，起義農民到處都是，發放的賑濟款卻很有限。不能解決廣大農民的生計，農民照舊還得造反。所以，當時許多地區都出現“旋撫旋叛”的局面。大部分地區農民軍都是官兵來了，就接受招撫;官兵一走，照樣搶掠。農民起義的頭目撫而復叛，加之主剿派的殺降，農民軍甘心受撫的越來越少。事實證明，楊鶴的“招撫”並不成功。
崇禎四年(1631)，朱由檢看到楊鶴主撫並無實效，遂一改以前的態度，轉為主剿，下令革了楊鶴的職，詔令中説：
楊鶴總制全陝，何等事權，乃聽流寇披猖，不行撲滅，塗炭生靈，大負委任。著革了職，錦衣衞差的當官旗，扭解來京究問。
楊鶴的被革職，標誌着主撫派的破產。而這時候，另一種主張，即洪承疇的主剿已經在部分地區同時進行了。
主剿派的勝利和晉升三邊總督
崇禎三年(1630)正月，明朝任洪承疇以都御史巡撫延綏(今陝西榆林)，於是他立即部署兵力，對起義軍進行鎮壓。是年六月，府谷縣農民軍在王嘉胤的率領下，攻陷黃甫川等要塞，又陷府谷縣城。而後他們假稱要投降，主動退出縣城。當官軍來“收復”縣城時，他們回戈一擊，重又佔領縣城。洪承疇和總兵杜文煥率部從孤山進剿，一次擊殺農民軍四百餘人。與此同時，明朝山西部隊，也剿殺這支農民軍達三百餘人。王嘉胤被迫轉入山谷。
那時，楊鶴尚在職，他雖然主撫，但在局部地區，明軍也在發兵進剿農民軍。楊鶴的招撫成效不大，早已引起主剿派的不滿。他們把農民軍形成的燎原之勢，歸罪於主撫派。而洪承疇和總兵杜文煥等，利用農民軍起義初期，缺乏作戰經驗、各自為戰、兵力分散的弱點，採取分割包圍，各個擊破的辦法，剿殺農民軍，的確見了成效。各地農民軍遭到重大挫折。因此，儘管總督楊鶴主撫，而主剿派並不聽其制，照樣殘酷鎮壓農民起義軍。
在洪承疇的歷史上，殺王左掛是個重要事件。王左掛是陝西清澗縣人，為陝西最早的起義將領之一。他於崇禎元年(1628)，聚眾萬餘人起兵宜川。後來轉戰於真寧、三水、耀州等地，曾被洪承疇圍於雲陽，後乘雷雨逃出。此後又在懷寧河(今槐裏河)再敗，遂於崇禎三年(1630)春，以一百二十人向總兵杜文煥請降，杜文煥受之。李自成當時就在王左掛部下，他和一些頭目對王左掛受降不滿，就率眾自謀出路。王左掛受降以後，並沒有真心事明，暗中謀劃再起。洪承疇本是主剿派，對招撫並不熱心，看到王左掛三心二意，準備謀叛，就在同年八月同陝西巡按李應期、總兵杜文煥設計，將王左掛等九十八人全部殺害。這是洪承疇殺降的一大例證。洪承疇的殺降，不只這一次。崇禎四年(1631)四月，洪承疇命守備賀人龍，慰勞投降的農民軍，設酒宴款待，農民軍個個喝得醉醺醺的。乘他們入謝告辭時，事先安排的伏兵四起，一次就斬殺了三百二十人。
洪承疇和他手下的將領，不擇手段地消滅農民軍。崇禎四年五月，王嘉胤的隊伍進至山西東南的沁水、陽城一帶。洪承疇派他手下的悍將曹文詔率部追擊。然而，王嘉胤的力量相當大，安塞人高迎祥、延安人張獻忠等，都是他的部下，聽他號令和調遣。那時在洪承疇手下任延綏副總兵的曹文詔，不能戰勝王嘉胤，就採取陰謀手段。曹文詔聽説部下士卒張立位的姐姐被王嘉胤強娶為妻，就讓張立位去詐降。王嘉胤信以為真，把他當成親信。六月的一天，張立位同姐姐以及王嘉胤的部將串通一氣，乘王嘉胤醉後熟睡時，將他刺死。曹文詔乘機出兵圍攻，裏應外合，起義軍大亂，損失慘重。
洪承疇派出官軍追剿陝西、山西的農民軍，配合山西明軍一起夾剿。崇禎四年(1631)七月，農民起義將領點燈子趙勝，在洪承疇的打擊下，於陝西立足不穩，轉戰至山西。洪承疇和部將曹文詔等親自追過黃河。九月，點燈子在晉西石樓縣遭到明軍夜襲，被砍殺。
鎮壓農民軍接連取得一定成效之後，洪承疇得到崇禎帝的讚揚。崇禎帝得知他殺降農民軍首領王左掛時，就得意地説：
賊勢獗甚，招撫為非，殺之良是。
接着，崇禎四年九月，洪承疇升任陝西三邊總督，代替楊鶴的職位，由他主持鎮壓陝西農民軍的事宜。
