重整國民黨黨務讓蔣介石重新獲得了這些權力空間，而到台灣後人才的匱乏和整肅運動帶來的格局變動，讓蔣介石此時極為倚重兒子蔣經國。
出生於1910年的蔣經國是蔣介石與原配毛福梅的獨生子。整個幼年和少年時期，他一直跟在生母身邊，直到1925年被蔣介石送往蘇聯讀書。他曾先後就讀於莫斯科中山大學和列寧格勒託瑪卡紅軍軍校，也曾因1927年蔣介石叛變革命，發動四一二政變而被貶往西伯利亞當列兵。身在蘇聯的蔣經國深受紅色思想的影響，不但加入中國共產黨，還數度發表聲討蔣介石的聲明，從思想上和父親劃清界限。
1937年，在蘇聯整整學習和生活了12年的蔣經國，帶着自己的蘇聯女工妻子和初生的長子回到了中國。一回國他就被父親送回了家鄉，要他讀《孟子》《曾文正公家書》之類的古書，並讓他學習《總理全集》和《民國十五年以前之蔣介石先生》等，重新“補課”和“洗腦筋”。很顯然，蔣介石不能容忍兒子與自己的分歧，他希望能將兒子培養成自己的左膀右臂。
蔣經國沒有辜負父親的期望。
在父親的栽培下，他在國民黨內部從小事做起，逐漸擴大勢力，將自己一手掌握的“三民主義青年團”經營成了國民黨內一個重要的派系，他自己也逐漸成為蔣介石的得力助手。內戰時期蔣經國已經常出現在各種事務當中，到了台灣後，他開始比以往更多地走上前台。
蔣經國
尤其是在掌握情治部門方面。
漆高儒(時任蔣經國機要祕書)：國民黨到台灣來了，痛定思痛啊，要檢討，要好好整理一下情報工作。當時戴笠也已經死掉了(戴笠曾統管“軍統”，是國民黨情報工作主要負責人，於1946年3月17日死於飛機失事，但民間關於其死亡始終傳聞不止)，那麼派什麼人呢？就派兒子去整理，情報工作就是兒子負責。一朝被蛇咬，三年怕草繩，(對此時的蔣介石來説)什麼人都靠不住，只有兒子靠得住。
蔣經國在蔣介石的支持下，開始了大刀闊斧的改革。留學蘇聯的背景讓他對黨軍體系、政戰體系格外重視，認為國民黨失守大陸的一個重要因素便是對政治作戰重視不夠。由此，他大幅改組軍中政戰體系，提出了“三分軍事、七分政治，三分敵前、七分敵後”的口號，並親手創立了政工幹校，要培養忠誠的政工。學校畢業的學生進入部隊，名義上是政治作戰，其實是要管控當時來自大江南北、派系林立的國民黨部隊。
蔣經國讓從贛南就跟在他身邊的老部屬王升幫他管理政工幹校。
王升：他常常到學校來。有一次他問：“你們把學校弄得很乾淨嗎？”我們説：“我們已經弄得很乾淨了。”他就不信這回事，就身體彎下去，往下面一推一拉，很多的髒東西都出來了。好難為情哦。
從這件小事即可看出，蔣經國對政工幹校進行了嚴格而細緻入微的管理，而各項改革的進行也讓他從此在政、軍兩界紮根極深，這也成為他日後登上高位的一大保障。
而另一項蔣經國出力尤多的工作，則是政治肅清。
這將在台灣上下掀起一場腥風血雨。
