蜂蜜有保質期，蜂蜜由於濃度極高，滲透壓大，進入其中的細胞會嚴重脱水死亡，所以蜂蜜不易變質。作為食品上市的蜂蜜，根據《食品法》都要在食物上標明保質期，因此，蜂蜜生產廠家一般把蜂蜜保質期定2年或者18個月。
蜂蜜適宜的存放温度在5℃至10℃的範圍內，最好放在乾燥、清潔、通風、避免陽光照曬的室內，這樣可以避免蜂蜜品質的變化另外需要注意的是，因為蜂蜜具有吸濕性，蜂蜜容器不緊密，容易造成蜂蜜吸收空氣中的水分，從而引起蜂蜜部分結晶以及蜂蜜發酵現象，因此蜂蜜貯存一定要密封貯存。由於蜂蜜是屬於弱酸性的液體，能與金屬起化學反應，在貯存過程中接觸到鉛、鋅、鐵等金屬後，會發生化學反應。因此，應採用非金屬容器如陶瓷、玻璃瓶無毒塑料桶等容器來貯存蜂蜜。蜂蜜在貯存過程中還應防止串味、吸濕、發酵、污染等。為了避免串味和污染，不得與有異味物品（如汽油、酒精、大蒜等）腐蝕性的物品（如化肥、農藥、石灰、鹼、硝等）或不衞生的物品（如廢品、畜產品等同儲存）。
