1、加強飼養管理，堅持自繁自養和全進全出的飼養制度，合理搭配飼料，確保營養全價、均衡，以增強鴨羣抗病能力。平時要保持鴨舍內清潔、乾燥和通風良好，保證舍內適宜的温度、濕度、密度，儘量減少不良刺激。此外，鴨場內禁養其他動物，做好滅鼠工作，防止外來動物進入鴨舍，以免傳播疾病。發生該病後，除隔離、消毒等防疫措施外，應及時治療，以提高治癒率和防止繼發其他疫病。
2、做好藥物預防，在每年的春、秋兩季疾病高發期，在飼料或飲用水中加入托曲珠利或地克珠利對該病具有很好的預防效果，但抗球蟲藥易產生耐藥性，要注意輪換用藥。另外，在飼料或飲用水中添加多種維生素、礦物質和微生態製劑，以增強鴨羣的抗病能力。
3、做好消毒措施，平時應及時清除鴨舍內的糞便，由於球蟲卵囊對外界環境抵抗力強，能抵抗大多數消毒劑，但對熱比較敏感，因此，採取生物發酵方法，利用糞便發酵後產生的生物熱可徹底殺死球蟲卵囊和病原體。定期使用3%-5%熱氫氧化鈉溶液對鴨舍、用具進行消毒，保持舍內地面乾燥，消毒劑要輪換使用，防止產生耐藥性，以達到更好的消毒效果。
鴨球蟲的種類較多，分屬於艾美耳科的艾美耳屬、泰澤屬、温揚屬和等孢屬，多寄生於腸道，少數艾美耳屬球蟲寄生於腎臟。據報道，鴨球蟲中以毀滅泰澤球蟲致病力最強，爆發性鴨球蟲病多由毀滅泰澤球蟲和菲萊氏温揚球蟲混合感染所致，後者的致病力較弱。
