伊斯蘭，是阿拉伯語的音譯，本意“順從”。順從安拉旨意的人，即“順從者”，阿拉伯語叫“穆斯林”，是伊斯蘭教徒的通稱。在中國，穆斯林也稱安拉為“胡大”或“真主”。穆斯林都相信穆罕默德是“先知”，是“安拉的使者”，是奉安拉之命向人類傳佈伊斯蘭教的。
新疆的維吾爾族其實內部區別也很大，東疆、南疆北疆的維吾爾衣着服飾人種長像都大不一樣，東疆的維吾爾人集中在吐魯番一帶，歷史上是高昌回鶻故地，他們曾經信仰佛教和西域于闐，瓜州曹氏等西域漢人政權關係密切，長像也和漢人相似，認同自己是回鶻民族，和南疆的維吾爾有血海深仇。南疆的維吾爾是喀喇汗王國的後代，較早信仰YSL，曾發動宗教戰爭和東疆的維吾爾打了一百多年，但一直沒打贏，只到蒙古人來了之後統治全疆信仰了YSL教新疆才YSL化。
元末，察合台汗國分裂為東、西兩部分。東察合台汗國禿黑魯.貼木兒汗信仰了伊斯蘭教。他利用汗的特權強行推行伊斯蘭教，迫使天山以北的許多蒙古人信仰了伊斯蘭教;他採取了許多扶植伊斯蘭教的措施，把伊斯蘭教向新疆東部推進。
禿黑魯.貼木兒首先征服伊斯蘭教和佛教交界處的、具有1000多年佛教文化的龜茲，將大批佛教徒驅趕到外地，當地居民也逐漸接受了伊斯蘭教。
禿黑魯.貼木兒的後代更是熱衷於擴大伊斯蘭教的影響。在黑的兒火者汗(1383-1399年)時期，他親自發動了對尚未信仰伊斯蘭教的高昌地區的“聖戰”，佔領了吐魯番和高昌回鶻的都城哈喇和卓，強迫當地居民改信伊斯蘭教。伊斯蘭勢力佔領吐魯番後，對佛教勢力進行了沉重打擊。佛教又經過幾十年的時間與伊斯蘭教並存，直到15世紀後期，伊斯蘭教才完全取代佛教成為該地區普遍信仰的宗教。16世紀初，伊斯蘭教又將佛教勢力排擠出哈密，最終完成伊？斯？蘭教成為全體維吾爾族居民普遍信仰的宗教。這樣，伊斯蘭教在新疆達到最東部地區，哈薩克族、柯爾克孜族不久也接受了伊斯蘭教。至此，新疆經過600多年的傳播和發展徹底伊斯蘭化。
