朱棣即位後，姚廣孝理所當然地受到了寵信，馬上被授予僧錄司左善世。永樂二年(1404年)四月，拜資善大夫太子少師，並恢復了他的姓，賜名為廣孝。太子少師是當時文臣的最高秩(正二品)，是一個實職，由此可見朱棣對他是極為重用的。明成祖和姚廣孝談話，從來不叫他的名字，而稱他為少師，可見成祖對他是極為尊重的。為了報答姚廣孝的功勞，成祖讓姚廣孝蓄髮，姚廣孝不肯;成祖又賜給他府第和兩名宮女，姚廣孝也不肯接受，仍然住在寺院。在朝堂上，他的衣着和身份，不僅在當時獨一無二，而且在歷史上也是少有的。
永樂二年六月，姚廣孝以欽差身份前往蘇湖賑濟，這是一種特殊的榮譽。離別故鄉二十餘年後，他終於衣錦還鄉了。但是，回到故鄉時，他的父母均已去世。父母沒有看到他的功成名就，這不免使他感到有些悵然。姚廣孝帶着複雜的感情，將父母的靈位放進了少時出家的妙智庵。姚廣孝回京後，養了一隻雄雞。每天聽到雞叫，他就起牀，可謂“烈士暮年，壯心不已”。就這樣，他度過了他一生中最後的十幾個年頭。
姚廣孝晚年最有成效的工作是先後主持了《永樂大典》和《明太祖實錄》兩部大書的編修。原來主持編修《永樂大典》的是解縉，解縉並沒有理解皇帝編修這部巨書的宗旨。永樂二年二月，這部巨書完成後，定名為《文獻大成》，上呈皇帝審閲。成祖對這部書不太滿意，命姚廣孝等人重修。永樂五年，這部包羅經、史、子、集、百家、天文、地誌、陰陽、醫、卜、僧、道等內容的二萬多卷的巨書，在姚廣孝主持下順利完成，並更名為《永樂大典》。《永樂大典》是珍貴的古代文獻，是世界上最早和最大的一部百科全書。前後有兩三千人蔘加了這一浩大的工程，總共用了六年時間，共有22937卷，11095冊，字數達三億七千萬。然而，這部珍貴的文獻鉅著後來大部遺失，現存的僅有714卷。
姚廣孝在學術思想上頗有膽識。史稱他：“晚著道餘錄，頗毀先儒。”因而受到儒者的鄙視。他回家鄉長洲看望同母姊妹時，不但不納，反而將他大罵一通。去訪問老友王賓時，王賓不見，只遠遠地對他説：“和尚誤矣，和尚誤矣。”在儒家思想統治和禁錮着人們頭腦的明代，像姚廣孝這樣敢於詆譭批判儒家的人是不多見的。
永樂九年，七十七歲的姚廣孝再次受任監修官，主持《明太祖實錄》的重新編修，直至他去世，大約六年多時間，他兢兢業業地完成了此項工作。他不是掛名的監修官，而是名副其實的組織者。這次修成的《明太祖實錄》就是今天我們所見的三修本，這是一次真正的重修，所用的時間和全書的內容都大大超過了前兩次的修纂。但是，當永樂十六年(1418年)五月成書，朱棣設宴賞賜有關人員時，為此耗盡餘生的姚廣孝卻已經在兩月以前與世長辭了。
姚廣孝一生不脱袈裟，自有他的奧妙所在。他從十四歲起穿上袈裟，但一生積極從事政治活動和軍事活動，交接王侯，策劃密室，運籌帷幄，決勝千里，建立了不朽的業績。他是一位穿着袈裟的政治家、謀略家和軍事家。在朱棣奪取政權以前，姚廣孝是和尚;在朱棣奪取政權以後，他仍然堅定不移地當和尚，因為這身袈裟為他的政治活動和得以善終做了最有效的保護。朱棣在當了皇帝以後，姚廣孝作為功高蓋世的元勛，處在十分微妙的位置上。姚廣孝具有清醒的政治頭腦，他深知“狡兔死，良狗烹”和功高震主的惡果，他不能不有所防備，這就是他不願意脱去袈裟的真正原因。他繼續當和尚，實質上向朱棣表了一個態度，表明自己對權勢是淡薄的，在政治上是沒有野心的。朱棣因而對姚廣孝放心了，反而使姚廣孝的權勢和地位更加牢固，得以安度晚年，善始善終。這不能不讓後人佩服他超人的智謀。
姚廣孝的高明之處還在於，他在成為達官貴人之後，並沒有像別人一樣大肆斂財。相反地，他保持了一個和尚的本色，視金錢如糞土，永遠不蓄錢財。他曾因公幹到家鄉長洲，把朝廷所賜的金帛和財物都分給了宗族鄉人，自己不留積蓄，這與歷來巧取豪奪、搜刮民財的封建官僚相比真是天壤之別。
姚廣孝八十四歲時病重，不能朝見，仍居於慶壽寺。成祖多次親往看視，賜予金唾壺，並問他有什麼請求。姚廣孝沒有請求別的，卻請求成祖赦免久在獄中的溥洽。溥洽是建文帝的主錄僧，成祖進入南京城時，建文帝不知所終。有人説溥洽知道建文帝的下落，甚至有人説他藏匿了建文帝。成祖雖然始終找不到建文帝的影子，但還是把溥洽囚禁了十餘年。成祖聽了姚廣孝這唯一的請求後，立即下令釋放了溥洽。這不僅因為姚廣孝與溥洽同是出家人的緣故，而是希望通過這件事，給成祖在處理與建文帝及其諸臣的關係上作一個暗示，不讓成祖濫殺無辜。姚廣孝至死都沒有脱離政治家的本色，實在令人欽佩。永樂十六年(1418年)三月二十八日，姚廣孝死於寺中。他希望能夠按照出家人的方式來安葬自己，朱棣同意了，並停止視朝二日以示哀悼。他被依照僧制安葬於京西盧溝河畔。三十日，鎮遠侯顧興祖奉旨祭靈，並宣讀了明成祖朱棣親自撰寫的祭文。
