毓賢這個人的定性有點複雜，説他是民族罪人吧，他的確是一個愛國者，對大清的忠貞一片誠心可感天地；説他是民族英雄吧，他的“愛國”行為卻為大清帶來了巨大災禍。從毓賢身上，既可以看出歷史人物的複雜性，也可以看出歷史弔詭的一面。
作為晚清政治舞台上名臣的毓賢，是以極端排外著稱的，這個人是監生出身，他的官是捐來的，清光緒五年（1879年），由選用同知捐納知府派分山東，在山東工作了二十多年，光緒二十五年（1899年）被授山東巡撫，成為山東最高行政長官，成為主政一方的封疆大吏，達到了仕途升涯的頂峯。
毓賢對中國政治的最大影響，就是一手扶持了義和團，可以説，如果沒有毓賢的大力支持，義和團運動不會發展到後來的地步。毓賢是有名的酷吏，在官場上被稱為“屠户”，在曹州任知府4年，採用大批逮捕、濫用酷刑和大批屠殺的恐怖手段進行統治。對於義和團，毓賢一開始也是“無情剿殺”，但後來，卻變“剿”為“撫”，由全力鎮壓轉變成全力扶持，促使他轉變的原因是什麼呢？其實是緣於他的那顆“忠君愛國”之心。
毓賢忠於皇室、熱愛大清，當時清國最大的敵人，就是蠻夷，在半個世紀的時間裏，清國一敗再敗，先敗於英國，再敗於日本……作為一個愛國者，毓賢對此痛心不已，因此他極端仇視外國人，恨不得將中國境內的外國人全部殺光。但作為弱勢一方的清廷，無力與外國人對抗，但在剿殺義和團的過程中，特別是在平原事件後，毓賢卻有了一個重大發現，就是外國教會勢力比義和團對清朝統治的威脅更為嚴重，而義和團是反教會、反洋人的，因此，可以成為抗拒洋人勢力的重要力量。
如此一來，他對義和團的鎮壓就不像以前那樣賣力了，他改“義和拳”為“義和團”，採取了由“剿”變“撫”的策略。光緒二十四年，他提出“化私會為公舉，改拳勇為民團”的主張，升任山東巡撫後，明確表示“民可用，團應撫”，並特意在省城濟南設場招納拳民，令義和拳民教授兵勇拳藝。對於平原、高唐、茌平一帶朱紅燈、本明和尚（後改名心誠和尚）等義和拳領袖設場授徒、攻擊教堂、打擊教士的行為，他坐視不管，且暗中支持，客觀上推動了義和團組織的壯大。
光緒二十五年（1899年）7月，平原縣槓子李莊教民李金榜欺壓拳民，知縣蔣楷袒護教民、派兵捉拿拳民，引發武裝衝突，毓賢聞訊後，一面派兵彈壓，一面將蔣楷等人撤職查辦，又派濟南知府盧昌詒“親往撫綏”平原義和拳，並通令山東各地義和拳、大刀會等一律改稱“民團”，允許朱紅燈所部義和拳建旗幟，皆署“毓”字，自此，山東義和拳聲勢越來越大。
毓賢對義和團的支持，引起了外國勢力的極大憤怒，視其為縱容義和團的“罪魁禍首”。清光緒二十五年（1899年）十一月，清政府迫於壓力，將毓賢撤職，改派袁世凱任山東巡撫。去職後的毓賢回到北京後，依然不忘向端王載漪、莊王載勛、大學士剛毅等力薦義和團，並在面見慈禧太后時，向慈禧推薦義和團，毓賢的遊説行為，使“義和團可用”思想滲透到清國上層統治者的思想中，為日後向各國宣戰埋下了伏筆。
1900年，毓賢被重新起用為山西巡撫，這樣一來，他又有了施展的機會，毓賢到山西后，排外更加激烈，對拳民首領待若上賓，唆使義和團焚燒教堂及屠殺教民，之後又以保護傳教之名，命全省教士集中到省城太原的一間房子裏，於1900年7月9日，在巡撫衙門西轅門前，將這46人盡數殺害（12名天主教方濟各會的意大利籍主教、修士和修女，34名英國浸信會傳教士，包括11名幼童）；毓賢還親手殺死了天主教山西北境教區正主教艾士傑；在他主政期間，據不完全統計，山西全省共殺傳教士191人、中國教民及其家屬子女1萬多人，焚燬教堂、醫院225所，燒拆房屋兩萬餘間，是各省中死人最多的一個省。
毓賢的所作所為，激化了清國與列強的矛盾，致使列強再度與中國兵戎相見，導致了後來的“庚子國難”，英、美、法、俄、德、日、意、奧八國組成的侵略聯軍，於1900年6月由英國海軍中將西摩爾率領，從天津租界出發，向北京進犯，8月12日，聯軍不費一槍一炮佔領了北京的門户通州，北京城危在旦夕。
8月14日凌晨，聯軍在獲悉俄軍已經提前發起對北京的進攻後，日、美、英三國軍隊也隨後投入了戰鬥，到晚上9點，4支外國軍隊相繼攻入北京的外圍城牆，開始向東交民巷推進，當晚，法、奧、意三國軍隊從通州進入北京，至此，北京外城、內城攻防戰結束，聯軍把進攻的矛頭轉向了皇城和紫禁城，8月16日，清軍在京城各處與聯軍展開巷戰，戰至晚間，聯軍佔領了北京全城。
當天，各國軍隊指揮官下令“特許軍隊公開搶劫三日”，北京城陷入了空前的劫難之中。聯軍攻入北京之後，作戰行為演變成了一場復仇行動，從破城之日起，聯軍肆無忌憚的大屠殺就開始了。伴隨屠殺的是搶劫，進城後，聯軍特許軍隊公開搶劫3日，這種被認為合法的搶劫活動在德軍到來後繼續擴大，持續了至少8天。聯軍在北京還燒燬了大量建築，北京城遭到嚴重地破壞……
