華佗以醫術為業，心中常感懊悔(中國封建社會中醫生屬於“方技”，被視為“賤業”)，後來曹操親自處理國事，得病(頭風)沉重，讓華佗專門為他治療。
華佗説：“這病在短期之內很難治好，即便是長期治療也只能延長壽命。”華佗因為離開家太久想回去，於是説：“收到一封家書，暫時回去一趟。”
到家之後，就説妻子病了，多次請求延長假期而不返，之後曹操三番五次寫信讓華佗回來，又下詔令郡縣徵發遣送，華佗自持有才能，厭惡為人役使以求食，仍然不上路。
曹操很生氣，便派人去查看;如果他妻子真的病了，便賜小豆四千升，放寬假期期限;如果欺騙，就逮捕押送。
結果華佗撒謊，於是用傳車把華佗遞解交付許昌監獄，經審訊驗實，華佗供認服罪(漢律：1.欺君之罪;2.不從徵罪)。
荀彧向曹操求情説：“華佗的醫術確實高明，關係着人的生命，應該包涵寬容他。”
曹操説：“不用擔憂，天下就沒有這種無能鼠輩嗎？”終於把華佗在獄中拷問致死，華佗臨死前，拿出一卷醫書給獄吏，説：“這書可以用來救活人。”獄吏害怕觸犯法律不敢接受，華佗只好忍痛，討取火來把書燒掉了。
另外，還有一個説法是：《三國演義》中曹操讓曾經為周泰療傷的名醫華佗來給他治療多年的頭痛，但華佗認為曹操的病因需要劈開頭顱，加以麻沸散麻醉，動大手術，多疑的曹操認為華佗想趁機殺害他，便以刺殺的罪行將華佗關押拷打致死。
