中醫認為，其病性早期屬熱證、實證，為濕熱、毒火阻滯肝脈;後期則伴有肝腎不足。治療主要是根據症狀、體徵，結合舌脈，一般將該病分為三型，即濕熱下注、毒熱藴結、腎氣不足，分別給予不同的治療方法。
1、屬於濕熱下注證的生殖器皰疹，常見生殖器部位水皰成簇，周邊有紅暈，或有糜爛，有輕癢，可見小便黃赤，口苦，口渴，舌紅苔黃膩，脈弦滑。這是由於素日喜肥甘厚味，辛辣之品，或嗜煙酒，損傷脾胃，脾失健運，水濕內藴，鬱而化熱，濕熱之邪下注肝經所致。濕熱藴積於下焦，注於陰部，發為生殖器皰疹。治療法則宜清熱除濕，方藥常以龍膽瀉肝湯加減：龍膽草10g 山梔10g 黃芩10g 柴胡10g 車前子(包)10g 生地10g 當歸10g 木通10g 生甘草10g。方中龍膽草清瀉肝經濕熱;山梔、黃芩、柴胡配合龍膽草清肝利膽;車前子、木通清熱利濕;生地、當歸涼血活血;生甘草調和諸藥。水皰大、糜爛滲液者，加生苡仁30g，茵陳10g;大便祕結者，加生大黃6g(後下)。現有中成藥龍膽瀉肝丸,每次6～8克,每日3次,温開水送服。
2、 屬於毒熱藴結證的生殖器皰疹，見陰部皰疹大而紅，局部腫脹，疼痛明顯，腹股溝淋巴結腫大，或有低熱，排尿困難，舌紅絳，脈滑數。這是由於不潔性交，外染淫毒，毒熱結聚陰部，藴結於局部皮膚粘膜所致。治療法則宜清熱解毒，常以方藥為清毒神聖湯加減：金銀花30g 天花粉30g 蒲公英30g 當歸15g 生甘草10g 板藍根30g。方中金銀花清熱解毒為主藥;天花粉排毒驅腐;蒲公英、板藍根配合主藥加強治療作用;當歸、生甘草養血活血，調和諸藥。如小便黃赤，排尿疼痛困難者，加馬鞭草15g，天葵子10g，淡竹葉10g;淋巴結腫大疼痛者，加地丁30g，夏枯草10g。
3、屬於腎氣不足證的生殖器皰疹，常見於複發性陰部皰疹，皰疹乾涸較小，無自覺症狀，但經常復發。這是由於腎氣不足，淫毒之邪未盡所致。腎開竅於前後二陰，或由於房勞過度，或由於濕熱、淫毒久稽，耗傷腎陰;日久陰損及陽，也可造成腎陽不足。腎陰腎陽是人體最寶貴的物質，統帥着人體全身的陰陽，當腎陰腎陽受損後，人體陰陽就會失調，疾病就容易復發。由於腎氣不足故多伴有腰膝痠軟，渾身乏力。陰虛者，則多有五心煩熱，失眠多夢，遺精早泄，舌紅少苔，脈象細數。腎陽不足者，則多有手足不温，少腹拘急，舌淡苔薄，脈象沉細。治療法則以補腎為主，佐以解毒除濕。常用方藥為六味地黃丸加減：生熟地各10g 山藥15g 山萸肉10g 枸杞子10g 茯苓15g 澤瀉10g 丹皮10g 板藍根10g。
方中生熟地滋補腎陰;山藥、山萸肉、枸杞子滋補肝脾腎三陰;茯苓、澤瀉、丹皮乃補中有瀉;板藍根清瀉餘毒。如陰虛火旺者，加女貞子10g，知母10g;腎陽不足者，加制附片10g ，肉桂10g，仙靈脾10g。
陰虛內熱，表現：殖器皰疹,反覆發作,日久不愈,滲液較少。伴咽乾脣燥,五心煩熱。舌紅絳,苔花剝,脈細數。可用中成藥：①知柏地黃丸,每次9克,每日2次,空腹時温開水送服。②大補陰丸,每次9克,每日2～3次,淡鹽湯或温開水送服。
事實證明，常用的一些中藥外洗方或外治方，可以減輕生殖器皰疹的疼痛和症狀，內治和外治結合起來可提高療效。以下是常用的中藥外洗方和外治方。
(1)馬齒莧30g，野菊花30g，黃柏30g，煎湯約200mL外洗，每日2次，每次洗敷15分鐘。
(2)木賊草30g，板藍根30g，煎湯約200mL外洗，每日2次，每次30分鐘 3)芒硝100g兑入沸水300mL，待涼後外洗患部。
(4)取鮮半邊蓮適量，洗淨後搗如泥，敷於患處，蓋上紗布，每日換藥1～2次。
(5)取青黛散適量，加入香油調成糊劑，用時塗於患處，每日換藥1次。
建議：對於生殖器皰疹的患者，必要的忌口是防止復發的必要條件。如常吃辛辣發物，抽煙飲酒。
