蜂蜜儲存時應放在陰涼、乾燥、清潔、通風處，温度保持在5～10℃。空氣濕度不超過75%的環境中。裝蜂蜜的容器要蓋嚴，防止漏氣，減少蜂蜜與空氣接觸。不宜陽光直射，通常保質期為18個月。
由於蜂蜜是屬於弱酸性的液體，能與金屬起化學反應，在貯存過程中接觸到鉛、鋅、鐵等金屬後，會發生化學反應。因此，應採用非金屬容器如陶瓷、玻璃瓶無毒塑料桶等容器來貯存蜂蜜。蜂蜜在貯存過程中還應防止串味、吸濕、發酵、污染等。為了避免串味和污染，不得與有異味物品（如汽油、酒精、大蒜等）腐蝕性的物品（如化肥、農藥、石灰、鹼、硝等）或不衞生的物品（如廢品、畜產品等同儲存）。國家規定瓶裝蜜保質期為18個月，但封蓋成熟濃度高的蜂蜜也能保質多年。但吃蜂蜜新鮮為好，因新鮮蜜一般色、香、味口感較好！
