蜂蜜儲存時應放在陰涼、乾燥、清潔、通風處，温度保持在5～10℃。空氣濕度不超過75%的環境中。裝蜂蜜的容器要蓋嚴，防止漏氣，減少蜂蜜與空氣接觸。蜂蜜由於濃度極高，滲透壓大，進入其中的細胞會嚴重脱水死亡，所以蜂蜜不會變質，無需添加防腐劑。
蜂蜜是糖的過飽和溶液，有些單花蜜低温時會產生結晶，生成結晶的是葡萄糖，不產生結晶的部分主要是果糖。蜂蜜結晶與蜜種、儲存條件有關。一般蜂蜜在13攝氏度以下結晶，而油菜蜜、椴樹蜜在13～14攝氏度就會結晶，洋槐蜜則不太容易結晶。棗花蜜雖屬不易結晶的品種，但如有少量結晶，仍屬自然現象，請放心食用。 蜂蜜一般存於陰涼的地方，但是温度不宜過低，蜂蜜一般在10攝氏度時，會發生結晶，不利於食用。
