咖啡的作用可以分為短期作用（喝下去的即刻反應）和長期作用（即長期經常喝咖啡）來討論。喝咖啡的短期作用（喝下去的即刻反應）是比較明確的，幾乎不用仰仗什麼研究，靠自己的感受就能找到答案：
1.咖啡具有提神作用，這是毋庸置疑的。但其提神作用的強弱卻又因人而異，有些人對咖啡因比較敏感，提神效果特別明顯，甚至會造成失眠或入睡困難。有些人，特別是經常喝咖啡的人，則不會那麼敏感，有時甚至感受不到明顯的提神作用。我自己就屬於後一種情況，就算晚上臨睡前喝咖啡也不會影響正常睡眠。喝過咖啡之後，我也感受不到很明顯的提神作用，但是咖啡的確對我有作用——讓我覺得精力更充沛、大腦更精神一些。但這種作用到底是咖啡因的作用，還是心理（依賴）作用呢？真的難以鑑別，索性就不要鑑別了吧，反正喝一杯白水或其他飲料是不會有同樣作用的（至少是對我而言）。》》》喝咖啡有哪些利弊
有人擔心“咖啡在興奮大腦的同時，也會在一定程度上損害注意力集中，於是反而影響思維能力”。我自己並沒有這樣的感受，也有一些研究顯示咖啡並不影響思維能力。那麼，咖啡到底影響不影響思維呢？不要聽專家説，自己試試就知道了。有些“專家”把本來就沒有定論或者因人而異的東西，非説成“真理”，這很不好。
2.與之相類的情況是，性活動前喝咖啡是否有助於性能力的問題，也向來説法不一。支持者如美國《僑報》報道，密歇根大學一項針對744對夫婦所作的研究，其結論顯示，喝咖啡不但能增加性慾還可降低患陽痿的機率（人民網2006年01月09日報道）。反對者如《生命時報》2008年09-09刊載，黑龍江中醫藥大學附屬第二醫院某副主任醫師的文章“咖啡喝多了影響性慾和勃起狀態”。 那到底喝咖啡對性能力是有利還是有害呢？答案其實很簡單，甚至根本用不着發問，你自己試一下就知道了。
3.咖啡具有明確的提高運動能力的作用，咖啡因具有強力作用，可以提高耐力能力和運動成績。這正是因為如此，咖啡因是國際奧委會（IOC）明確禁止使用的興奮劑。國際奧委會（IOC）規定，當尿中咖啡因濃度大於12微克/毫升時，即被認定為非法（即“藥檢陽性”）。在運動前喝咖啡，有助於提高運動能力。
喝咖啡的長期作用（即長期經常喝咖啡）則比較複雜，需要通過科學研究才能確認。可惜的是，雖然針對咖啡的研究非常多，但往往難以得出一致的結論。對很多問題，我們還只能做出大致判斷。
1.咖啡干擾礦物質的吸收。咖啡因在腸道內會干擾鈣、鐵、鋅等礦物質的吸收，所以兒童等不要喝咖啡。成年人喝咖啡的時候，也儘量不要與食物混雜。
2.咖啡因具有減肥作用，但喝咖啡，尤其是速溶咖啡未必能減肥。咖啡因具有興奮作用，可增加基礎代謝，減少睡眠時間，總體上增加熱能消耗，有助於減肥。不過，喝速溶咖啡或喝咖啡時如果加入很多糖、奶或咖啡伴侶等含熱能比較多的東西，減肥效果就大打折扣了。
3.母親喝咖啡會對胎兒和接受哺乳的嬰兒造成不利影響。美國食品及藥物管理局（FDA）曾發表聲明，建議已經懷孕或可能懷孕的婦女減少咖啡因的攝取。美國小兒科醫學會的藥物委員會建議，母親每天攝取的咖啡因不要超過300毫克。
4.咖啡對胃潰瘍患者不利。由於咖啡會促進胃液分泌，促進胃酸增加，故有胃潰瘍的患者在喝咖啡時，要多加註意，切勿過量，更不要空腹喝咖啡。
5.咖啡會造成鈣質流失。雖然目前並沒有直接證據，顯示咖啡因會導致骨質疏鬆症，但是有一些研究指出，咖啡因使尿中排出的鈣增多，從而增加患骨質疏鬆的危險。所以，經常喝咖啡的女性，應注意補鈣。此外，也有報告説，尿中排出的鈣增多，會增加患腎結石的風險（《健康報》2004年10月28日）。
6.咖啡具有抗癌作用。關於咖啡與癌症的報告非常多，大部分報告支持咖啡有預防癌症的作用。例如，瑞典卡羅琳斯卡醫學院的拉鬆與沃爾克博士聯合在美國《胃腸病學》雜誌上發表報告指出，喝咖啡跟患肝癌的風險呈反比，咖啡含大量抗氧化劑如綠原酸，能對抗氧化應激，防止致癌物的形成。此外，在動物身上進行的試驗也明確顯示咖啡與綠原酸有抑制肝癌的作用（2007年09月24日中國經濟網）。當然，也有一些報告顯示，喝咖啡會增加患胰腺癌和卵巢囊腫的風險（2005年05月20日《健康報》）。
7.咖啡對心臟病的影響尚不明確。有研究説，一個人每天喝5杯或更多咖啡，其患心臟病的機率比不喝者高兩倍。也有研究説，那些每週喝5杯以上咖啡的婦女較之不喝咖啡或是每週喝4杯以下咖啡的婦女患心臟病的機率低32%。還有研究説，咖啡和心臟病之間並無關聯。不知道這些研究有沒有考慮到速溶咖啡或咖啡伴侶中反式脂肪酸的攝入量。過多反式脂肪酸對心臟的害處是公認的。
8.喝咖啡有助於預防痛風。據新華網2007-05-28報道，美國和加拿大研究人員通過大規模調查發現，喝咖啡有助於降低人體血液中的尿酸水平，達到預防痛風的效果（不過，這種效果似乎與咖啡因無關）。
