《搜神記》原本已散，今本系後人綴輯增益而成，20卷，共有大小故事454個。所記多為神靈怪異之事，也有一部分屬於民間傳説。其中《干將莫邪》、《李寄》、《韓憑夫婦》、《吳王小女》、《董永》等，暴露統治階級的殘酷，歌頌反抗者的鬥爭，常為後人稱引。
故事大多篇幅短小，情節簡單，設想奇幻，極富於浪漫主義色彩。後有託名陶潛的《搜神後記》10卷和宋代章炳文的《搜神祕覽》上下卷，都是《搜神記》的仿製品。《搜神記》對後世影響深遠，如唐代傳奇故事，蒲松齡的《聊齋志異》，神話戲《天仙配》及後世的許多小説、戲曲，都和它有着密切的聯繫。
《搜神記》內容十分豐富，有讖緯神學、有神仙變幻，有精靈物怪，有妖祥卜夢，還有人神、人鬼的交通戀愛，等等。其中保留了相當一部分西漢傳下來的歷史神話傳説和魏晉時期的民間故事，優美動人，深受人們喜愛。神話，如卷十四的“盤瓠神話”，是關於古時蠻族始祖起源的猜測;“蠶馬神話”是有關蠶絲生產的神話。歷史傳説，如卷十一“干將莫邪”講述的復仇故事;卷十六紫玉傳説，講吳王小女的生死愛情。民間故事，如卷十一“東海孝婦”，講孝婦周青蒙冤的故事;韓憑夫婦的傳説則歌頌了忠貞不渝的愛情;卷一仙女下嫁董永的故事也是如此。這些故事是《搜神記》的精華所在，歷代長傳而不衰。
《晉書·幹寶傳》説他有感於生死之事，“遂撰集古今神祇靈異人物變化，名為《搜神記》。”
