付款方式
債券
由清政府發出五種債券，按分攤數額交給各國收執，並以關税、鹽税和常關税作為擔保。帝國主義遂將各通商口岸50裏內的常關税也劃歸外國人管理的海關税務司管理。
額外款
"鎊虧借款"。《辛丑條約》規定，賠款數目雖按銀兩計算，因帝國主義國家的貨幣用金，還須按照白銀市價摺合為金幣，這樣虧損很大，這種虧損稱為"鎊虧"(以英國貨幣金鎊為代表)。清政府為籌付這筆額外支出，1905年4月又向匯豐銀行訂借英金一百萬鎊，借款利息五釐，期限20年。
庚款辦學
由於這筆賠款金額過於龐大，經當時駐美公使樑誠跟美方交涉，後來美國退還了部分賠款，應付賠款2444萬，美國將當時尚未付足的1078萬從1909年1月起退還，但強迫清政府必須用於幫助建立赴美留學教育系統。對中國進行精神、文化侵略。最初稱為“清華學堂”，為留美預備學校，即後來清華大學的基礎，成為後來中國最優秀的高等學府之一。英國後來也退還了部分賠款。在中國從事傳教、經商30餘年的史密斯，曾於1906年向美國總統建議"退還庚款"來培植中國學生。1907年美國國會通過了用"退還庚款"來教育中國學生的提案，1909年付諸實施。從1923年起英、法、意、比、荷各帝國主義國家也競相效仿，用此款辦起了大、中、國小，甚至幼兒園。
還款結果
一戰影響
沒有還完，主要原因有：
1.一戰影響：第一次世界大戰期間，中國加入協約國參戰，作為戰勝國，停止對戰敗的德、奧賠款支付;十月革命勝利後，俄國部分的庚款餘額，蘇俄亦在1920年宣佈放棄;美、英、日、荷四國部分的庚款餘額則改訂償付辦法。抗戰影響
2.抗日戰爭影響：1937年7月7日，抗日戰爭全面爆發。但中國並未停止支付對日賠款，甚至是在淞滬抗戰爆發之後，民國政府仍指示相關部門向日本及時足額支付賠款。1937年9月7日梅樂和指示關務署：“當一二八淞護戰之時，善後借款按月應撥日本部分，亦均經按期照付。”直到1937年9月國民政府財政部才命令海關税務司不再向日本撥付賠款，改由總税務司在匯豐銀行開立了“備付日本庚款專帳”，按月劃撥入帳，先後有十六個月之久，到1938年底共達52.5萬英鎊。這筆款並未交付日本，最後被海關洋員以退休養老金方式吞沒了。這樣，中國對日本的庚子賠款實際是支付到了1937年8月底，至此，中國對日庚款之餘額有1858萬兩，中國對日庚款的實際支付總數計為5736萬海關兩。隨着日本侵略中國的加劇，英美等帝國主義國家與日本在中國的既得利益衝突尖鋭化，中國也無力賠款。於是英、美等國於1938年紛紛停止"庚子賠款"。至此，中國共賠款白銀已近6.532億兩，摺合銀元近10億元。
