在西醫尚未有治療和預防手足口病的藥物之時，中醫根據對症施治的原理，提出了預防手足口病的方藥，從清熱、化濕兩個方面進行。
手足口病是一種常見的小兒傳染病，目前西醫尚沒有疫苗和特效治療藥物。據參與《廣東省中醫藥防治手足口病臨牀技術方案》制定工作的一位專家介紹，手足口病屬於中醫理論裏“温病”的範疇，被稱為濕熱疫毒，而中醫對温病治療素有成效。這次討論的方案初稿將手足口病分為“常證”和“變證”兩大類六個證型，主張分別對症施治。其中，目前因引發嚴重併發症導致死亡病例出現的EV71感染，大致可被歸入“變證”一類。
中醫兒科專家介紹，對手足口病採用清熱、解毒、化濕為主的防治辦法。預防手足口病，除了強調清熱，更要注意化濕，因此，不主張一味地讓孩子喝板藍根沖劑清熱。
中醫推薦，可將金銀花、茵陳、生薏仁、大青葉(即板藍根的葉子)、甘草等放入水中，煮開後20分鐘倒出，當茶飲用。“喝三五天就可以，但體虛、容易拉肚子的孩子不要喝。”
對於口裏長皰疹、有潰瘍、口氣臭的孩子，除了上面預防手足口病的方子外，還可用燈心花、藿香、生石膏、防風、淡竹葉煎水飲用，可清心火。對於食慾不振的孩子還可在燈心花方子裏增加麥芽，以開胃。
如果孩子手足出現皰疹，則可採用外洗法，用野菊花、紫草、地膚子、苦蔘等煮沸，冷卻至適中温度時浸泡手足，以起到清熱、化濕、涼血的作用。
