蜂蜜變質有明顯的酸味，這些酸味主要來自於蜂蜜中酵母菌(主要是耐糖酵母菌)，酵母菌可將蜂蜜中糖分分解成乙醇(酒精)，而乙醇在一定條件下能再氧化成乙酸(醋酸)，因此蜂蜜有明顯的酸味時説明蜂蜜已經變質了且酸味越濃郁則變質程度越嚴重。
蜂蜜變質還會出現大量氣泡，這些氣泡是酵母菌分解蜂蜜中糖分時所產生的二氧化碳，若蜂蜜是用密封的塑料瓶存放時甚至可能出現脹瓶的現象。
蜂蜜有酒精味也是蜂蜜已變質的重要特徵，有酒精味則説明蜂蜜中的酵母菌已經開始大量繁殖了，原因是酵母菌能將蜂蜜中的糖分分解成乙醇且酒精味越濃表明蜂蜜變質程度越嚴重，若酒精味不濃時可將蜂蜜隔水加熱到60℃左右殺死酵母菌以延長蜂蜜的保質期。
