引起細菌性食物中毒的菌種主要有以下六種：
１．腸炎孤菌食物中毒。吃了被腸炎孤菌污染的魚或貝類後，會引起食物中毒。可在食用後５－２４小時內發病，在１０小時後發病為最多，一般在３天內能治癒。
２．沙門氏菌屬食物中毒。帶菌的鳥、豬肉、雞蛋等，未經煮燒，吃後容易引起食物中毒。吃後１０－２４小時內發病，一般在１周內能治癒。
３．致病性大腸桿菌食物中毒。大腸菌中約有２０來種菌種可以引起食物中毒，一般發病後４－５日內症狀可好轉。
４．產氣莢膜桿菌食物中毒。受產氣莢膜桿菌污染的肉、魚、貝類等食品，雖經煮燒，但放置數小時後食用的話，也容易引起食物中毒。
５．葡萄球菌食物中毒。食用了被葡萄球菌污染的牛奶、白脱、奶酪、盒飯後，３小時左右發病。
６．肉毒桿菌食物中毒。潛伏期平均１－２天，重病者可導致死亡。
