除常見的心理、神經系統、心血管系統、內分泌系統、醫源性等因素可導致陽痿外，尚有許多疾病也常伴發有較高的陽痿發生率，或是不可避免地發生陽痿，如陰莖硬結症、陰莖腫瘤、肝腎功能不全、尿道下裂、尿道上裂、包莖、鐮狀細胞性貧血、陰莖異常勃起等等。
陰莖硬結症
陰莖硬結症又稱陰莖纖維性海綿體炎，常位於海綿體部位，多為背側根部可觸及的結節狀或條索狀硬結，單發或多發，嚴重時伴有陰莖彎曲畸形，此類患者即使不伴有陽痿，也有可能因為勃起時疼痛或陰莖彎曲畸形而不能獲得滿意的性生活。
尿道上、下裂
尿道上、下裂以尿道開口位置異常、陰莖彎曲畸形和帽狀包皮為典型表現，輕度的龜頭型尿道下裂一般不會影響到勃起功能，但陰莖體中間型、陰莖體近端型或更嚴重的尿道下裂則可因為纖維索帶的牽拉而不能伸直勃起，即使此類患者已經手術矯正，也可能因為陰莖的血管神經受到不可避免的損傷而發生陽痿。
包莖
包莖患者因包皮口纖維狹窄環的限制導致陰莖多不能完全勃起，即使勃起也有形成包莖嵌頓而導致陰莖水腫、感染，甚至壞死的可能。此時應及時行包皮環切術矯正畸形，術後絕大多數不伴有其他疾病的患者可獲得正常的勃起功能。
