1、花果期不同：番木瓜全年都可以開花結果，花果期相對較長，產量大，但番木瓜目前只在我國廣西地區盛產，而木瓜一般只在四月開花，十月結果，一年收一季，產量較低。
2、葉片花型不同：番木瓜的葉片較大，整體形狀為近盾形，邊緣有羽裂狀的紋路，並且葉片雙邊顏色有深淺區分，花朵為白色，而木瓜的葉片較小，大多為橢圓形或者卵形，葉片邊緣呈現鋸齒狀，花朵為粉色。
3、果實外觀不同：番木瓜成熟後的果實是橙黃橢圓狀，果實中籽粒的分佈沒有規律，切開後種子聚集堆放，而木瓜的果實呈現橢圓形，顏色為深黃色，果實中的籽粒排列比較均勻，橫切開種子分佈在5室。
