1、不良環境影響，蔬菜生存環境中温度、濕度、光照、空氣、營養等條件不正常易誘發病害。如温度條件不適宜引起高温或低温危害；濕度條件不適宜引起旱害或澇害；營養條件不適宜引起缺素症或中毒症；這些條件具有協同作用，對蔬菜幼苗易產生危害。如早春低温多雨時節蔬菜幼苗易漚根。不良環境引發的病害不具傳染性，又稱為非侵染性病害或生理性病害。
2、土壤。在設施蔬菜種植過程中，很多種植户為了提高蔬菜的經濟價值，一般都不遵循間接耕作的土地使用原則，導致土壤障礙。土壤障礙是指長期種植一種相同或相似的蔬菜，使蔬菜在生長過程中大量吸收所需要的元素，最終導致土壤中出現微元素不平衡的情況，最終影響蔬菜的質量。
3、病原物侵染。病原物有多種類型，如真菌、細菌、病毒、線蟲、寄生性種子植物、放線菌和類病毒等。真菌、細菌、病毒等微生物中的某些種類必須侵入蔬菜體內汲取營養才能存活，導致蔬菜發病。如黃瓜霜黴病、番茄花葉病毒病、辣椒瘡痂病等均是由不同病原物侵染所致。由病原物侵染所發生的病害可以相互傳染，故又稱為侵染性病害。
綜合防治措施：
1、瞭解不同病害的發生規律和特點
種植户要想對設施蔬菜種植過程中出現的病害進行有效防治，首先要對各種不同病害發生的時間及發生規律進行了解，抓住防治病蟲害的關鍵期。例如，在對黃瓜葉片進行糖分含量測量時，如果黃瓜葉片糖含量小於2.2，表明黃瓜可能要發生霜黴病。在瞭解黃瓜即將發生的病害時，可選取有效的治理方法預防病害的發生，減少蔬菜的產量損失。
2、 選用抗病品種，培育無病適齡壯苗
在對設施蔬菜病害進行防治時，在蔬菜種植中要擇優選取，培養抗病能力強的無病適齡幼苗。培育抗病品種是豐產抗病、科學防治設施蔬菜病害的基礎，種植户應根據設施蔬菜的種植條件及種植技術，合理進行抗病幼苗的選取。例如，種植黃瓜時，可選取抗枯萎病耐霜黴病的植株類型。
3、加強檢疫
隨着技術的發展，人們對各種蔬菜病害的發聲原理及發生條件都有了深入的瞭解，並以此為基礎創造了較多的蔬菜病害檢疫技術。設施蔬菜種植户要想保證蔬菜在生長過程中不發生較嚴重的病害，應及時對蔬菜進行檢疫。
4、實行豐產栽培和生態防病新技術
結合設施蔬菜多年種植經驗，人們已經發現較多可避免蔬菜病害發生的方法。例如合理輪作、採用配方施肥技術、科學調節温度和濕度、充分利用植物根基的自生菌等。以上方法都是種植人員通過對設施蔬菜種植中出現的病害長期觀察而總結出的，針對病害的發生原因和發生特點，徹底破壞病害的生存環境，保證了蔬菜的健康生長。
5、合理使用農藥
現如今，在蔬菜種植過程中，許多種植户為了提升蔬菜的種植產量，減少病蟲害的出現，會在蔬菜生長中使用農藥。如果種植户合理使用農藥，會對設施蔬菜的生長起到一定的促進作用，否則，會對蔬菜的生長造成較大的危害。為此，蔬菜種植户使用化學農藥時，應推廣使用高效、低毒、低殘留農藥，如甲基託布津等。積極引進新農藥，並與現有藥劑進行合理搭配交替使用，提高防治效果，延緩病菌抗藥性的發生，延長藥劑使用年限。此外，種植户也可選擇適當的劑型及防治方法，如在無法通風換氣的陰雨天氣或室外空氣濕度很高的條件下，使用煙劑、粉塵劑尤為有效。
