工程款糾紛訴訟時效為三年，特殊情況可以申請適當延長。該訴訟時效自權利人知道或者應當知道權利受到損害之日起計算，自權利受到損害之日超過二十年的人民法院不予保護。
法律依據：《民法典》，第一百八十八條向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，依照其規定。訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。法律另有規定的，依照其規定。但是，自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。
合同的有效性問題工程款的取得首先要解決合同的有效性問題，由於目前建築市場中普遍存在掛靠、借用資質的現象，因此這些都會導致施工合同的無效，貴公司作為施工單位，還有就是是否存在轉包、違法分包的情況，這些都會導致合同本身的無效，但是即使存在合同無效，如果建設單位沒有提出合同無效的抗辯或者工程質量合格，還是可以參照施工合同取得工程價款。
合同的相對行問題由於目前掛靠、借用資質以及轉包情況較多，如果要提出工程款請求，必須和業主存在直接的合同關係或者有有效的授權委託，否則業主有權拒絕付款。
