康熙二十二年(公元1683年)六月，施琅奉命率水師2萬餘人，戰船200餘號，自銅山(今福建東山)出發，進擊台、澎，經過幾天奮戰，大敗澎湖守軍。鄭軍主力悉數被殲，守將劉國軒潛逃台灣。施琅佔據澎湖後，對鄭軍實行招撫。鄭克見大勢已去，遂同意歸附清廷，實行和平統一。
康熙對施琅的以戰逼和給予大力支持，當他接到施琅克澎湖的捷報之後，立即下詔鄭軍：“爾等從前抗違之罪，盡行赦免。仍從優敍錄，加恩安插，務令得所。”對鄭軍是否就撫，康熙也曉以大義：“倘仍懷疑畏，猶豫遷延，大兵一至，難免鋒鏑之危，傾滅身家，噬臍莫及。爾等其審圖順逆，善計保全，以副朕宥罪施仁至意。”康熙的態度和施琅的以戰帶和策略完全一致，這就順利地使台鄭集團放心歸附。
台灣和祖國和平統一在清初是一件大事，施琅為此立了大功。康熙把台灣的歸附看成是施琅為清朝“掃數十年不庭之巨寇，擴數千裏未闢之遐封。”他在施琅封侯的“制誥”中稱讚施琅“矢心報國，大展壯猷，籌劃周詳，佈置允當，建茲偉伐，宜沛殊恩。”當然，平心而論，台灣的收取，從施琅的堅決態度、施琅的策略以及施琅對鄭氏的大度胸懷看，其功是當之無愧的。但是施琅如果沒有康熙的支持，他將一事無成。
康熙的支持，對於施琅來説有其特殊的意義。這是因為施琅是個降將，一部分大臣對他有偏見，這增加了康熙對施琅的瞭解和任用的困難。不過，由於施琅矢志報國，循正為人，不論在提督任上還是在內大臣任內，都沒有突出劣跡，因而康熙對他並不反感，而且能夠比較客觀地去看待施琅，使施琅有機會為國家建功立業。
正當施琅雄心勃勃希望以武力征服台灣時，康熙下令召施琅入京任內大臣，並下令撒水師，不再議武力征台。這對施琅來説，地位自不如前重要了。康熙這樣做，主要是迫於形勢，而不是對施琅一意罷貶。這個形勢就是朝臣主撫派佔了上峯，以及朝臣對施琅的不信任。
當時對施琅的不利因素比較多，他不僅是明鄭的降將，而且在1664年和1665年，即康熙三年和四年，前後數次率兵徵台未果，損失兵丁。加上後來又出現他有子侄在鄭軍中的事件。當時清統治集團對明鄭降將多不信任，曾下令把這些降清士兵官員遷往內地各省安插。而對施琅當然也不可能例外。這種不信任當然也包括康熙在內，李光地向他推薦施琅為水師提督時，康熙問李光地：“汝能保其無他乎？”這是一部分朝臣的擔心，康熙當然不能不考慮到，但當李光地詳細和康熙談了施琅的優點時，康熙便決心用施琅去徵台。
施琅雖屬武將，但他是一個有心計的人，正如李光地所説：“施琅素不多言，言必有中。口亦不大利，辛辛苦苦説出一句，便有一句用處。”對施琅的為人、學識，李光地也都有過很好的評價。這些對康熙較全面地瞭解施琅是起了作用的。
起用施琅任福建水師提督
1673年，清朝南方几省發生“三藩之亂”之時，台鄭勢力便乘機而入，進軍閩粵沿海一帶，對廣東、福建構成嚴重威脅。僅福建海澄一役，就被圍困83天，2萬多名清軍，8000多匹戰馬，死亡過半。
1681年，即康熙二十年，清、鄭兩方都發生了歷史性的轉折事件。這一年鄭經去世，長子繼位之後隨即被殺，年僅12歲的次子鄭克繼位，鄭氏集團內部矛盾激化;而清方在這一年卻最後平定了“三藩之亂”，能夠騰出手來考慮平台的問題，於是，康熙必須重新考慮福建水師提督的人選問題。
康熙曾先後兩次就福建水師提督人選事徵求過李光地的意見。第一次李光地答以施琅“海上路熟，海上事他亦知得詳細，海賊甚畏之。”第二次康熙就“命將”問題又一次徵求他的意見，他認為“計量起來還是施琅。”
在李光地的力薦下，幾乎沒有經過太多周折，康熙於李光地力薦同月便下敕諭，任命施琅為福建水師提督，加太子少保;讚揚施琅熟悉彼處地形，海寇情形，要他到福建去，“剋期統領舟師進取澎湖、台灣。”
支持專征收復台灣
鑑於歷史的教訓，歷史上許多戰例，不是失在敵強我弱，而是失在將領之間互相掣肘，互相扯皮，而貽誤戰機。當時福建總督姚啟聖、巡撫吳興祚都想搶徵台之功，俱決意出兵。姚啟聖雖力主收取台灣，但戰略部署以及戰術配置，如發兵的時間、地點，多和施琅有分歧;而吳興祚原來是個主撫派，對海事也並不熟悉。因此，施琅一到廈門，立即上疏要求專征台灣，即軍事指揮由他獨自決策，並表示為收取台灣，赴湯蹈火，在所不辭。在一次上疏要求專征時，他更立下軍令狀：只要“獨任臣以討賊”，臣“必破台灣”，如若不成，“治臣之罪”。
由於康熙的支持。施琅在攻佔澎湖、招撫台灣時，不但軍事指揮得當，而且招撫鄭氏集團，採取的策略十分高明，沒有攙雜着半點報私仇的雜念。在這過程中，他説了兩段很得體的話：一是部眾勸他對鄭部“急撲滅之，以雪前仇”。他説：“吾此行上為國下為民耳，若其銜璧來歸，當即赦之，毋苦我父老子弟幸矣！何私之與有？”另外一條，是他到台灣後親自去祭鄭成功時説的：“自同安侯(鄭芝龍)入台，台地始有居民。逮賜姓(鄭成功)啟土，世為巖疆，莫可誰何？今琅賴天子之靈、將帥之力，克有茲土。不辭滅國之罪，所以忠朝廷而報父兄之職分也。但琅起卒伍，於賜姓有魚水之歡，中間微隙，釀成大戾，琅於賜姓，剪為仇敵，情猶臣主。蘆中窮士，義所不為。公義私恩，如是而已。”
康熙皇帝對施琅順利收取台灣，報以極大的興奮。據説，康熙得到施琅克台的消息，正值中秋佳節，欣然祝酒賦詩。滿懷豪情地寫道：“牙帳受降秋色外，羽林奏捷月明中。海隅久念蒼生困，耕鑿從今九壤同。”後來又特地寫了一首詩來表彰施琅收復台灣的偉業：“島嶼全軍入，滄溟一戰收。降帆來蜃市，露布徹龍樓。上將能宣力，奇功本伐謀……”
