鄭成功領有台灣之後，建立了台灣第一個漢人政權，也帶來一波漢人移民潮。鄭成功雖然在攻下台灣的同一年逝世，但繼位的鄭經與鄭克塽持續統治台灣21年，並在陳永華的規劃之下，引進中國明制的宮室、廟宇和各種典章制度，奠定了台灣在日後成為一個以漢民族文化為主的社會，而不僅僅是另一個海外華埠。因此有學者形容此役“決定台灣爾後四百年命運”。
在荷蘭東印度公司方面，失去大員這個據點之後，“東南亞—大員(對中國轉口)—長崎(日本)”的商路中斷，對中國貿易量也急遽減少，損失甚大。荷蘭東印度公司數度企圖恢復這條航路，因而與清廷聯手攻打鄭氏。
1663年清荷聯軍攻打金門和廈門，此時鄭成功已死，鄭軍領袖為鄭經。雙方在金門烏沙港交戰，鄭軍落敗，先撤往銅山，不久之後全軍轉往台灣，完全失去在大陸的根據地。但此役之後清廷僅贈送銀兩與禮物給東印度公司，並未派兵協助攻打台灣。
1664年8月，東印度公司佔領雞籠。同年11月，荷蘭艦隊與清靖海將軍施琅率領的水師組成聯軍，準備攻打台灣，但一出海面便遭遇大風浪被迫折回。此後清廷對攻台轉趨消極，東印度公司也因為連年軍事行動造成財政困難，雙方皆不再對台灣採取軍事行動。此外，由於清廷厲行海禁，東印度公司在基隆的據點幾乎無利可圖，維持費用卻十分龐大，因此於1668年7月自行放棄撤出。
至於大員長官揆一則因為投降而受到審判，被軟禁於班達(Banda)羣島，直到1674年家人以25000荷盾將他贖回。1675年他出版《被遺誤的福爾摩沙》一書為自己辯護。
鄭成功收復台灣的軍事鬥爭，是中華民族反對外來侵略的成功嘗試。通過這一斗爭，驅逐了荷蘭殖民者，維護了中華民族的利益，捍衞了中國主權和領土的完整，因而具有極其重大的歷史意義。
