蔣、李矛盾，由來已久，臨近崩潰前夕，雙方已搞到水火不相容的地步。蔣介石以3萬兩黃金以及故作“真誠”的表白許願，成功地拉攏了桂系大將白崇禧，使之與李宗仁離心，從而分裂了桂系。
蔣介石退台之初，面臨着絕境一般的危機。
整個島內人心惶惶，失敗的氛圍、絕望的情緒使國民黨內外上至“總裁”下至士兵個個垂頭喪氣，似乎只有等待末日的到來。
蔣介石在1949年聖誕節日記中寫道：“過去一年間，黨務、政治、經濟、軍事、外交、教育已徹底失敗而絕望矣。”
在政治上，國民黨統治集團分崩離析，已成瓦解之勢。“黨國大員”紛紛作鳥獸散，各飛東西以求保命。宋子文率妻去巴黎“治病”，並於1949年6月定居美國;孔祥熙與蔣介石不辭而別，與宋藹齡避居紐約裏弗代爾別墅中過起了流亡生活;孫科一家先去香港，再經法國轉美，住在西海岸一小鎮;蔣介石最可靠的幾位親信尚且如此，其他如各方面大員張發奎、龍雲、魏道明、熊式輝、沈劍虹等等也各避東西，近居香港，遠走巴西，更多的人是逃得不知去向了。儘管蔣介石最後採取了一些“非常措施”，命令特工脅迫綁架了一批“黨國元老”如於右任等人去台，同時又以重金誘使一些要員赴台，但總的來看，大陸時期國民黨統治集團退台之後已經過了一次苦痛的“剝皮”。這種痛苦對蔣介石來説，在另一方面也未嘗不是一件好事，老朽分子的離去，為後來蔣氏父子“改造”國民黨創造了必要的前提。
在軍事方面，正如前文所敍，蔣氏堅定了保台決心，不惜從海南、舟山撤兵，“集力保台”。但當時“收大陸撤來的部隊，不但不能增加防禦力量，甚至還有內部的危機”。這些官兵不分、靠裹脅綁架而來台的士兵，成分複雜，軍事、心理素質極低，要想靠這幫烏合之眾抵抗中國人民解放軍，那簡直是天方夜譚。
1948年6月李宗仁與白崇禧的合影唯一可給蔣介石稍許安慰的是他的海空軍。當時台灣保存下的海軍，有50艘戰艦並3.5萬人的兵力(實際能啟動作戰的只佔半數);空軍有各類飛機400架，官兵8.5萬人(也只有半數能上天)。這些海空軍裝備優於大陸解放軍剛剛組建的海空軍，這對“保衞台灣”起到了“定心丸”的作用。但這些軍力需用來防守萬里海疆上的多處島嶼，則顯戰線太長，供給困難，這是“保台”的一大致命弱點。蔣介石吹噓築起了“海上長城”，這恐怕是連他自己也不敢相信的謊言。
在經濟方面，當時情況亦不容樂觀，雖然台灣島是一具有豐富自然資源的地區，但畢竟地狹人多，與其經濟發展需求相比，難以滿足。國民黨退台後，島內人口急劇增加，從1947年的624萬餘人猛增到1950年的790萬餘人，到1952年已達846萬多人。200餘萬撤台人員蜂擁而入，給原本尚未恢復之台灣經濟、社會增加了巨大的壓力，物資奇缺，來台人員帶入大量貨幣又使島內遊資充斥，通貨膨脹，物價直升，經濟已臨崩潰邊緣，急需採取異常手段方可維持。
“外交”上的窘境更是不堪言狀。一般世界輿論都認為國民黨政權殘喘之日屈指可數，撤退來台的外國使節，寥若晨星，舉世沒有一個同情台灣的人。美國明確表示“拒援”，而另一個“自由世界”核心大國英國，本一向與蔣政權合不來，更於不久後率先承認中華人民共和國，這在世界上造成巨大的反響。其他西方國家如瑞典、丹麥、瑞士、芬蘭以及印度、緬甸、印度尼西亞、巴基斯坦等亦紛紛效仿，而以蘇聯為首的社會主義國家保加利亞、羅馬尼亞、匈牙利、捷克斯洛伐克、波蘭、東德、阿爾巴尼亞以及蒙古、越南、朝鮮民主主義人民共和國等等，也都從1949年10月3日起，相繼同新中國建交。台灣已漸成“國際棄兒”。
就全盤局勢而言，1949至1950年的整個50年代初期，台灣處於“山雨欲來風滿樓”的境地，四面楚歌的蔣氏父子及其政權，面臨着徹底覆沒的命運。
但是，蔣介石是決不甘心於坐等滅亡的，他仍要繼續與命運抗爭，以求最後關頭之死灰復燃。
在總體戰略上，蔣介石充分認識到台灣島的戰略地位，他認為在社會主義陣營與資本主義世界的對壘中，台灣處於亞太前哨地帶，有着不可替代的戰略地位，美國固然可以忍痛放棄台灣，但這將是下下策，並無一點好處：對美國來説，保住台灣就是佔領一塊前進之跳板，有百利而無一害。所以，美國決不會輕易棄之。現在，國民黨固然已窮途末路，但只要把國民黨的命運與台灣拴在一起，便可維持住美國對他的支持，這是他，也是國民黨與台灣的唯一生途。所以，不論美國如何聲明、如何不講情義，他一概忍而不發，不把話講絕。對島內嚴密封鎖美國《白皮書》的有關消息，對外亦做低調處理，希望給予美國人“回頭是岸”的機會，盼望奇蹟之出現。
在對內統治政略上，蔣介石按照他一貫的“安內攘外”戰術，開始了整肅國民黨的過程。
首先要做的，是為自己“正名”，恢復“總統”職務，以便從幕後走向前台，指揮一切。但蔣介石欲“復職”，其最大的障礙便是現在仍居位不讓的“代總統”李宗仁。
蔣、李矛盾，由來已久，臨近崩潰前夕，雙方已搞到水火不相容的地步。蔣介石以3萬兩黃金以及故作“真誠”的表白許願，成功地拉攏了桂系大將白崇禧，使之與李宗仁離心，從而分裂了桂系。而後由白氏出面，勸李宗仁主動“交出權力”。
1949年11月20日，李宗仁飛往香港，決定離開中國，“赴美就醫”。他之所以在此關鍵時刻出國，一是要躲避蔣介石的多方壓力甚至謀害，決不“讓位勸進”;二是赴美求援，為國民黨作最後的努力，但他已深深感到“國事至此，我無力迴天”。
李宗仁赴港前，白崇禧秉承蔣介石之意詢問他在政治上還有什麼部署。李代總統聞言不禁勃然大怒，他厲聲説道：“依照憲法規定，我缺席時可由行政院長代行職權，不需要什麼佈置。”説罷，拂袖而去。蔣介石對李宗仁不識抬舉擅自赴美之舉“不勝駭異”，他召集國民黨中常會商討對策，決定派員赴美勸李回國，希望他重入“圈套”，被李宗仁斷然拒絕。
於是，蔣介石不得不向李宗仁最後攤牌。
11月27日，蔣介石在國民黨中常委會議上發表見解説：“對外關係，尤其我國政府在聯合國中之代表地位問題，極其重要。如果李宗仁長期滯港，不在政府主持，而餘又不‘復行視事’，則各國政府乃至友邦，可藉此以為我國已無元首，成為無政府狀態，則不得不考慮對於北平政權之承認。此外，對內尚有維繫人心的作用。此時舉國上下，人心動搖，如雲南盧漢等已明言：李既出國，而蔣總統不肯‘復位’，則國家無人領導，尚何希望之有！因此不能不作復行視事之準備。”
全體與會中常委“一致主張”蔣介石“即行復位”，並“一致指責”李宗仁“擅離職守”，會議作出決議如下：“以當前國家局勢之嚴重，西南戰況之艱辛，中樞不可一日無人主持，仍切望李代總統宗仁同志迅返中樞，力疾視事。萬一為病勢所不許，再請總裁復行總統職權！”
李宗仁得悉中常會決議後，向前來報告之代表表示，他具有“法統”地位，不受中常會決議之約束。
蔣介石得知李宗仁仍不肯歸，極為憤怒，他在日記中寫道：“德鄰出國，既不辭職，亦不表示退意，仍以代總統而向美求援，如求援不遂，即留居國外不返，而置黨國存亡於不顧。此純為其個人厲害，其所作所為，實卑劣無恥極矣。”“今日國家危急，已至千鈞一髮之時，何忍見危不救？避嫌卸責？只有光明正大，決心‘復行視事’為不二之道，至於成敗利鈍，在所不計。”
蔣介石對李宗仁恨之入骨卻無可奈何，只能暗中咒罵幾句來解恨。而對白崇禧，他卻以一個“行政院長”的空頭支票，賺他來台墜入掌中，代替李宗仁向蔣作了“勸進”。而白氏到了台灣後，用後人的話來説就是“他一進去就再不能出來了，以後他就變成了蔣介石的電鈕，凡是李宗仁在美國發出對蔣介石不利的言論，蔣只需把這電鈕一按，他就作出永不失誤的反應。等到李宗仁1965年7月從海外回到祖國懷抱，白就於次年12月2日無疾而終，因為蔣介石不再需要他了。”
被人稱讚為“小諸葛”般精明的白崇禧，就因此糊塗一時葬送了他的聰明一世。
1949年12月至1950年3月間，國民黨開動所有輿論工具及動用黨政機構對留美不歸的李宗仁大加討伐並對蔣氏“熱烈擁進”。李宗仁認定蔣介石對他“銜恨之深”，一旦來台則“恐欲求張漢卿第二也不可得”，於是繼續拒絕來台。蔣介石對李的表現非常滿意，他要的便是這個效果。
蔣介石在國民黨中常會上曾抑制不住自己對權力復歸的興奮，慨然宣稱：“還是我出來視事好！倘若去年初我不下野，無論如何想象不到大陸各省會在一年之內斷送乾淨，我下野的後果，終竟如此，殊為痛心”，“現在國家情勢危急非常，如果我再不負起政治軍事的責任，在三個月之內，台灣一定完結。我出來之後，台灣可望確保。”
國民黨中央非常委員會於2月21日“奉諭”向李宗仁發出最後通牒，限李宗仁3日內返台。23日，國民黨中常會決議：請蔣總裁早日“恢復行使總統職權”。
3月1日，蔣介石在台北再度正式“登基”，同時發表了冠冕堂皇之“復職”文告。他在《復職的使命與目的》一文中宣稱：“我一生中有三次下野三次復職……第一次復職的使命是完成北伐，統一全國;第二次復職的使命是抵抗日本侵略，爭取最後勝利;這第三次復職的使命則是要恢復中華民國，救大陸同胞，而最後的目的乃是在消滅共產國際，重奠世界和平。”
他同時給李宗仁去了一個電報，希望他以“副總統”身份在美“爭取外援”，遭到李宗仁的通電斥責。李宗仁表示：即使我“代總統”缺位，依法也應由“行政院長”代行職權，然後由“國民大會”臨時補選“總統”，你蔣介石“復職”，於法無據，荒謬至極。我至少亦應作誅鋤叛逆的表示，以為國家法統留一份尊嚴。
李宗仁的態度再次激怒了蔣，他決心再次實行報復。1952年2月，在蔣介石一手操縱下的“國民大會”第六次會議通過了“國大代表”及“監察院”的罷免案與彈劾案，將李宗仁徹底罷職。
蔣介石在台灣“復職”做“總統”的鬧劇至此收場。
蔣介石的“復職”是他在台島一片哀鳴聲中強打精神奮鬥之第一步。按照他的倔強性格，不輸光最後一個棋子，他決不肯輕易服輸。
蔣介石上台後，一面報復李宗仁，一面着手清洗李宗仁遺留下的黨政班子。最先被拿來開刀的是“行政院長”閻錫山。
閻錫山與蔣介石有着幾十年的恩怨爭鬥歷史。山西丟失之後，閻錫山失去根據地閒居南京，他利用蔣、李鬥爭之機，以居中者的資格謀得了“行政院長”一職，試圖在政壇上再起。由於他的攫權慾望，對蔣介石“戰略思想”失敗之批評以及與李宗仁的合作，早已開罪於蔣，故去台之後，蔣介石決心換馬，讓“閻老西”走人。而被蔣選中代閻者，為他的嫡系親信——台灣省主席兼東南行政長官陳誠。
陳誠出身黃埔，又是蔣介石的同鄉。早在黃埔建校初期，他便加入軍校，任上尉特別官佐兼教育副官。他與蔣介石之接近完全出於一偶然的機會。
那是某日夜，陳誠外出訪友歸來，因言談興奮不能入睡，索性爬起身來，閲讀孫中山著《三民主義》一書，並加圈點。時近黎明，他又攜書到操場進行晨練。恰逢校長蔣介石按例早起，亦來操場散步，見晨曦中只有一人在練習單槓，趨前一看，便是陳誠。
陳誠見校長到來，慌忙下槓行禮。蔣介石信手揀起一旁的《三民主義》一書，見上面圈圈點點，寫滿註解心得，不由得對眼前這位年輕人刮目相看。蔣介石當場對陳誠給予表揚，並詢問記錄了他的姓名、資歷。陳誠從此給蔣介石留下極深的印象。
陳誠以後經過幾十年交往，陳誠以其對蔣氏之忠心與拍馬手段，逐步成為蔣氏心腹，並娶了宋美齡乾女譚祥為妻，使蔣、陳關係成為一種牢不可破的“鐵桿”關係。
當東北形勢吃緊之時，1947年，陳誠被蔣派任“東北行營主任”。臨上任前，他口出狂言，要在三個月內消滅東北解放軍主力。但結果卻吃了大敗仗，丟失了關外重鎮，使國民黨軍陷入完全被動地位。
“國民大會”代表在南京聯名向蔣介石提議“殺陳誠以謝天下”，但蔣介石卻捨不得這位“愛卿”，不僅不治罪，反而把他調往台灣，出任省主席兼東南最高行政長官，賦予為國民黨預設後路之重任。
陳誠赴台成為主管長官之後，他的確沒有辜負蔣介石之所望。在短短一年時間內，實施了幣制改革，穩定了金融，實行“三七五”減租，減緩了社會矛盾，同時還平息了島內“二二八起義”後遺留的諸多矛盾紛爭。蔣介石對此極為讚賞，稱讚陳誠“去歲受任東南行政長官兼台灣政府主席，對於整軍禦敵，政治經濟諸項措施，尤多建樹，深為台灣人民所愛戴。現值鞏固台灣、策劃反攻大陸之際，陳君揚歷中外，文武兼備，對於剿匪亂，深具堅定信心，出任行政院長，必能勝任愉快。”
在蔣氏搭建的新班子中，除陳誠受任“行政院長”外，台灣省主席由原上海市長、留美畢業的吳國楨出任。吳氏得“寵”不是由於他的政績，而是由於他與美國人非常親密的關係。美國畢業的吳國楨，滿腦子“三權分立”思想，崇尚資本主義法制。他雖然對蔣氏獨裁多有牴觸，卻具有深得美方信任之天資。蔣介石看中這一點，啟用吳國楨，揚其所長作出對美聯絡之姿態，欲促使美國改變對台政策。
與此相仿，在軍隊主管任用方面，蔣介石經過深思，痛下決心，要讓在大陸時期的老一代敗軍之將何應欽、顧祝同等統統靠邊，轉而啟用新一代將領。因此，畢業於美國弗吉尼亞軍校的正規科班將領孫立人，因其對美關係親密及過去在抗戰中的戰功，被蔣破格任命為陸軍總司令，這樣，一方面可多獲美援，另一方面也可顯示蔣介石打破過去非黃埔非同鄉不用的舊框框，表明他選賢用能之決心。
至於海軍總司令桂永清及空軍總司令周至柔，因掩護自大陸撤退來台有功，加上保衞台灣倚之甚重，不便中途換馬，仍由二人留任。
在蔣搭建班子中，一個最棘手的問題就是“太子”蔣經國職務的確定。按照老蔣之意，蔣經國是要準備將來“繼承大統”的，但目前他的資歷不夠，羽毛未豐，尚不能支配中樞。蔣介石決心讓兒子從細小處做起，突出發揮其專長。他手令恢復軍隊組織中政工機構，認為“政治工作”之取消是大陸兵敗重要原因之一。蔣經國在留蘇期間一直從事政工，經驗豐富，因此加強軍隊政工非小蔣不可。
1950年4月1日，蔣經國正式出任“國防部總政治部”主任委員，官拜“二級上將”，同時兼管“總統府機要室資料組”，掌握島內外特務工作及情報治安工作。8月，又進入“國民黨中央改造委員會”黨務最高決策圈，成為一名官職不高但權力很大的人物。由此開始，蔣經國一步步掌握了“威靈顯赫的權力之柄”。
在蔣經國此期所做的諸多“工作”中，最值一提的是他曾託人向大陸方面施放過一次“探和的氣球”。
黃埔六期畢業生李次白，因其妹嫁給了中共名將陳毅之兄陳孟熙而被國民黨當局排斥，一直鬱郁不得志，抗戰勝利後便跑到台灣來做生意，在高雄開了一家飯店。1950年5月，蔣經國找到了他，希望他利用與陳毅這層親戚關係，赴大陸與中共“探和”。
李次白經香港來到上海，陳毅市長接見了他。李表示：蔣經國託他帶話，希望與中共和解，共同走美國式兩黨制的民主道路，最低限度是共產黨不進攻台灣。很明顯，這一建議飽含着國民黨方面“急功近利”的需要，想借此阻止中共解放台灣，而“和談”則多為煙幕。
抗戰前線的兩位老戰友：李宗仁與白崇禧，看背景好像是在台兒莊陳毅對李次白的到來表示歡迎，並宴請了他，向他闡明瞭“中共的政策與主張”。陳毅明確表示，“國共合作”之事現在提為時尚早。於是，國民黨提議的這次“醉翁之意不在酒”的或者可説是“和談煙幕”的“國共合作”自然是不可能實現的了。
正當蔣介石走投無路之際，台灣島內外所發生的兩件事又給了他一點點喘息之機，這便是1949年10月下旬和11月初，人民解放軍前後發動了兩次渡海攻擊台灣外島戰役均告失利以及中共“台灣省工作委員會”被破獲。
