日本社會的主流認知承認發生過南京大屠殺，絕大多數中國小使用的歷史教科書上也會講到南京大屠殺，不過在到底有多少死難者上有不同認識。而用秦鬱彥教授的一句話説：“4萬人就已經是慘絕人寰的大屠殺了。”
東京審判中，日方的辯護律師明確知道歷史真相
絕大多數日本人到1945年“東京審判”時，才知道南京大屠殺事件。儘管大屠殺發生時，全世界就都已經知道日本陸軍的殘暴。
一般被稱為“東京審判”的遠東國際軍事法庭，於1946年5月3日正式開庭，兩年半之後，該庭宣判東條英機以下25名被告全員有罪，7名被告絞刑。
日本的報紙當時只有4個版，但遵照佔領軍最高司令部(GHQ)的指示，幾乎每天都以一半左右的版面來報道東京審判，絕大多數日本人是通過這次審判，才知道了那場以天皇制下面的軍閥為中心，財閥、官僚、媒體和右翼一起操作的戰爭到底是怎麼回事。
而東京審判中最吸引人們注意的就是南京大屠殺。事件剛發生時，中國政府發表的信息是，日軍第六師團殺害了23萬人，十六師團殺害了14萬人，其他日軍部隊殺害了6萬人，共計43萬人，中國政府一直到東京審判時還是堅持這個主張。
東京審判容許一般人旁聽。審判開始後，每週一般有1500名日本人和450名盟國人士參加旁聽，而在法庭開始審理南京大屠殺案件時，參加旁聽的日本人增加到了2000人以上，這説明了日本人對該事件的關心程度。
從日本人的立場來説，他們很希望能夠推翻檢察方的指控，但事實使很多日本人失望，被告鬆井石根大將以及辯護律師伊藤清幾乎沒有做出什麼像樣的辯護。
辯護方提出的物證，是當時“國際安全地區委員會”給日軍的感謝信，內容是感謝他們沒有炮擊難民區，以及贈給為難民區運送糧食的日本兵個人的禮物。
這幾份證據無法推翻控方提出的大量證人和證詞。
辯護方面沒有積極採取辯護行動的原因是，辯護律師中有人明確地知道歷史真相，為島田繁太郎擔任辯護律師的瀧川政次郎，當年在北京就聽説了南京大屠殺，他在1938年夏到南京時，特地坐黃包車在市區內兜了一圈，時間已過去半年，南京市內依然隨處是被燒燬的民房，黃包車伕告訴他，這都是日本兵燒的。車伕還説，南京市的女人幾乎都被強暴過。
所以，辯護律師們採取的方式是，放棄對日軍暴行的辯護，而把重點放在作為方面軍最高指揮官的鬆井石根大將應不應該為部下的行為負責、以及負責到何種程度。
最後，鬆井石根被東京軍事法庭判處了死刑。
東京審判後，有30萬受害者的南京大屠殺成了定論
但應該指出，當年中國政府在日本辯護律師放棄辯護努力之際，並沒有努力立證，而是敷衍了事。本身，中國政府僅僅把東京審判看成復仇手段，而沒有像蘇聯政府那樣，把東京軍事法庭作為講壇，將日本帝國對蘇聯的所作所為都進行詳細論述。(正因如此，到現在為止，日本右翼始終沒有人為從出兵西伯利亞到“9·18”事變這段歷史翻案的原因，因為蘇聯人在這段歷史上得到了日本當事人的口供，做成了鐵案。)而中國政府在這方面的工作則令人遺憾。
參加南京大屠殺的第十六師團，後來在萊特戰役中被美軍全殲，13000人僅剩下620人，麥克阿瑟曾請中國政府協助在這些人中尋找有無參加過南京大屠殺的兇手，但沒有得到積極迴應。
這樣的結果，造成東京國際軍事法庭最後的判決書有互相矛盾之處。判決書中提到：“據估計，在最初的六個星期內，南京周圍被殺害的非戰鬥人員在20萬以上，發生強姦案兩萬以上。”而對鬆井石根本人的判決書則説：“數千名婦女被強姦，被殺害的人數在十萬以上。”中國政府對這個明顯的矛盾沒有提出異議，埋下了一個“南京大屠殺人數未定”的禍根。
其實“30萬”這個數字在東京軍事法庭上並沒有正式出現過，“20萬”的數字則是採信自許傳音博士在法庭證詞中的“一般認為在20萬左右”的説法。“30萬”這個數字，實際上出自南京軍事法庭對原第六師團師團長谷壽夫中將的判決書。
南京軍事法庭與東京國際軍事法庭的審判時間上差不多。東京審判之後，有30萬受害者的南京大屠殺也就成了定論，即使在日本也沒有人提出質疑，頂多是有人在提到南京大屠殺時説“殺害了好幾十萬人”。還有人雖然不肯承認30萬這個數字，但也都接受了東京審判的結果。
日本社會的主流認知承認發生過南京大屠殺
南京大屠殺被重新提出來，是在1971年。從這一年6月開始，《朝日新聞》記者本多勝一為了調查侵華日軍在中國的戰爭犯罪行為而訪問中國，並在《朝日新聞》上連載報告文學《中國之旅》，裏面10次提到南京。這部報告文學在發行單行本之後，10年內重印了26次，成為長期暢銷書。
這引起了日本右翼的不滿。《諸君》雜誌開始批判本多勝一的活動，而以早稻田大學洞富雄教授為代表的另一部分人，則在1984年組成了“南京事件調查研究會”，開始具體調查，以反對那種否定南京大屠殺的思潮。
洞富雄教授所代表的羣體，被人稱為“大屠殺派”，而企圖否定大屠殺的，則被稱為“幻象派”，因為這一派認為南京大屠殺是一種“幻象”。後來，參加爭論的人越來越多，甚至包括鬆井石根的祕書田中正明。這些人的主張各種各樣，很難被簡單地分成大屠殺派和幻象派。各個派別承認的南京大屠殺死亡人數各不相同，也有人徹底否定大屠殺存在。
上世紀90年代之前，執政黨的自民黨政治家很少參加有關南京大屠殺的爭論。第一個公開否定南京大屠殺的，是1994年新生黨羽田孜內閣的法務大臣永野茂門，結果，他在就任11天之後，因為此言論被迫辭職，此後，現職內閣大臣再沒有發表過此類言論。
但退職後的大臣則不同。比如，歷任運輸大臣、通產大臣、經產大臣，身為甲級戰犯平沼騏一郎養子的平沼赳夫，從2008年開始就多次公開否認南京大屠殺。
在野黨的政治家，尤其是民主黨的議員，則一直喜歡否認南京大屠殺。此次公開發表此類言論的名古屋市長河村隆之，原來就是民主黨眾議員。執政以前，他們不是主流，要吸引傳媒和選民的注意，只能靠搏出界，語不驚人死不休;執政之後，他們改不掉在野黨的遊擊習氣，再加上執政之後並無多少政績，轉而炒作這種話題賺取人氣。
日本社會的主流認知承認發生過南京大屠殺，絕大多數中國小所使用的歷史教科書上也會講到南京大屠殺，不過在到底有多少死難者上有不同認識。而用秦鬱彥教授的一句話説：“4萬人就已經是慘絕人寰的大屠殺了。”
