源於納西族原始宗教東巴教的東巴文化，包括東巴教祭祀儀規、東巴象形文字、納西族古典哲學、東巴文學、東巴音樂、東巴舞蹈、東巴繪畫等豐富的文化內涵。東巴文化對納西族的精神文化影響深遠，對縣境內其它世居民族亦有重要影響。18世紀始，中外文化學、宗教學方面的專家學者不斷地收集東巴經，開展對東巴文化的研究，取得了較豐富的成果。
東巴教淵源於納西族早期社會裏的氏族宗教。唐代，中甸白地的納西族祭師借用藏族本波教祖師丁巴什羅的名稱，創造了東巴什羅祖師的形象，稱原來的原始氏族宗教祭司“畢補”為“東巴”;對原來的原始氏族宗教崇拜的神靈鬼怪加以充實、完善;對原有的祭祀誦詞進行修改、補充，用象形文書寫口誦經文;把原有的宗教祭祀儀式加以調整、充實、完善，把原有的氏族祖先崇拜對象加以篩選、提練和昇華，使之提高到民族祖先神的地位;在神鬼譜系中，增加從本、佛、道教中吸收的神靈鬼怪;逐漸增加宗教活動中的法器道具和崇拜偶像，創立了納西族的東巴教。
東巴教最初的儀式規程和經典，在民間自由地抄寫流傳，並經過學識較高的東巴祭師集結、修改後的東巴教儀規、經典，從白地逐漸向整個金沙江流域的納西族傳播。宋元時期，東巴教在金沙江流域的納西族地區奠定了基礎，基本形成了其宗教思想。明朝至清朝雍正初年，東巴教在民間繼續發展，複合儀式、經典數量增多。
一些原先口耳相傳的經文，繼續被寫成新的經典。納西族東巴祭司在原有東巴象形文基礎上創造了格巴文，成為書寫經文的第二種文字。清雍正元年(1723年)“改土歸流”以後，納西族地區經濟社會進入封建地主經濟時期，東巴教儀式和經典中融入了許多反映反映封建統治和壓迫的社會內容，如大祭風(超度情死者儀式)、延壽儀式及經典。同時隨着納西族的遷居，東巴教隨之向周邊地區(如永勝、維西等)傳播，出現用東巴文和格巴文混寫的經書及專門用格巴文書寫的東巴經書，東巴教各種類型的經典在這個時期基本完備。由於各種宗教的傳入並存，東巴教表現出與其它各教競爭的特點。
民國時期，出現一批學識較高的大祭司，有的編寫東巴文、格巴文字書，有的刻制東巴文、格巴文字彙木刻，一些東巴祭司被稱之為東巴王，居於較高的地位。許多人到當地有名的大祭司家裏學習東巴文化，還出現了以傳教東巴文化為主的私塾。東巴儀式經典中出現反映社會黑暗和人民苦難的內容。解放以後，東巴活動逐漸減少，到80年代，僅有極少數東巴還在民間活動。
