先把牛肉及牛骨頭用清水洗淨，然後在水裏浸泡四小時（血水留下另用），將牛肉切開，和牛骨頭、肥土雞下入温水鍋，等即將要開時撇去浮沫，加入調料，姜皮，鹽放入鍋裏，小火燉4小時即熟，撈出稍涼後切成丁待用。牛肝切小塊放入另一鍋裏煮熟後澄清備用。蘿蔔洗淨切成片煮熟。蒜苗切末、香菜切末待用。
將肉湯撇去浮沫，把泡肉的血水倒入煮開的肉湯鍋裏，待開後撇沫澄清，加入調料粉，調料可根據南北各地不同飲食習慣而定，再將清澄的牛肝湯倒入水少許，燒開除沫，再加入鹽、味精、熟蘿蔔片和撇出的浮油及葱油、麪條下鍋，面熟後撈入碗內，將牛肉湯、蘿蔔、浮油適量，澆在麪條上即成。並以每個人的口味加上適量的牛肉丁、香萊末、蒜苗末及辣子油。特點肉湯清沏鮮美、麪條筋柔、入味，營養豐富實惠。每碗麪條2.5兩加湯350-500毫升，視碗大小而定。
牛肉麪的輔料也是調湯的一個重要組成部分。輔料蘿蔔片的做法：綠蘿蔔均按日需量購進，以免糠心。做法是先將蘿蔔洗淨，去其毛根和頭尾，切成長形或扇形的片，放入開水鍋裏焯一下，然後撈入冷水浸漂，再入牛肉湯裏煮，這樣可以去其異味，吃起來軟硬適口。清湯牛肉麪要達到色、香、味、形方面俱佳，一碗成功的牛肉麪應該是一清（湯清）、二白（蘿蔔白）、三紅（辣椒油紅）、四綠（香菜、蒜苗綠）、五黃（麪條黃亮）。馬家大爺對牛肉麪有嚴格的質量要求，用他的話説，就是“湯清亮，肉酥香，面韌長”。
在製作的過程中，需要用黃油將葱、蒜等爆香，這樣香氣才夠。炒制時儘量用小火，以免食材變焦。煮制高湯的時候，還要加蓋鍋蓋，用小火慢煮，以免湯汁蒸發太快。煮牛肉時，可先用筷子試牛肉軟硬，酌情適當延長煮制時間。
