便祕並不是一種疾病，很多人都將便祕誤認為是疾病，所以總是在服藥治療，結果並沒有看到什麼效果，反而便祕容易越來越嚴重。徹底治療便祕就應該從病因入手，而便祕的病因則分為兩大類。
1.器質性
(1)腸管器質性病變 腫瘤、炎症或其他原因引起的腸腔狹窄或梗阻。
(2)直腸、肛門病變 直腸內脱垂、痔瘡、直腸前膨出、恥骨直腸肌肥厚、恥直分離、盆底病等。
(3)內分泌或代謝性疾病 糖尿病、甲狀腺功能低下、甲狀旁腺疾病等。
(4)系統性疾病 硬皮病、紅斑狼瘡等。
(5)神經系統疾病 中樞性腦部疾患、腦卒中、多發硬化、脊髓損傷以及周圍神經病變等。
(6)腸管平滑肌或神經源性病變。
(7)結腸神經肌肉病變 假性腸梗阻、先天性巨結腸、巨直腸等。
(8)神經心理障礙。
(9)藥物性因素 鐵劑、阿片類藥、抗抑鬱藥、抗帕金森病藥、鈣通道拮抗劑、利尿劑以及抗組胺藥等。
2.功能性
功能性便祕病因尚不明確，其發生與多種因素有關，包括：
(1)進食量少或食物缺乏纖維素或水分不足，對結腸運動的刺激減少。
(2)因工作緊張、生活節奏過快、工作性質和時間變化、精神因素等干擾了正常的排便習慣。
(3)結腸運動功能紊亂所致，常見於腸易激綜合徵，系由結腸及乙狀結腸痙攣引起，除便祕外同時具有腹痛或腹脹，部分病人可表現為便祕與腹瀉交替。
(4)腹肌及盆腔肌張力不足，排便推動力不足，難於將糞便排出體外。
(5)濫用瀉藥，形成藥物依賴，造成便祕。
(6)老年體弱、活動過少、腸痙攣導致排便困難，或由於結腸宂長所致。
